研究活動
論文
2020
| Author | Title | Journal |
|---|---|---|
| 建石寿枝, 杉本直己 | 第Ⅳ部 生物学的相分離の理論 | 相分離生物学の全貌（現代化学増刊46）,東京化学同人, 195-200（2020） |
| Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto | Effect of chemical environment changes in cell on DNA structures and functions | Impact (Science Impact Ltd), 2020 (7), 25-27 （2020） |
| S. Takahashi, N. Sugimoto | Stability Prediction of Canonical and Non-canonical Structures of Nucleic Acids in Various Molecular Environments and Cells | Chem. Soc. Rev., 49, 8439-8468（2020） |
| 高橋俊太郎, 杉本直己 | 高圧力がDNAに及ぼす影響 非標準構造と分子クラウディングの視点 | 化学と生物（日本農芸化学会）, 58,8, 477-485 （2020） |
| H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto | Chemical biology of non-canonical structures of nucleic acids for therapeutic applications | Chem. Commun., , 56, 2379-2390（2020） |
| 杉本 直己 | 核酸科学ハンドブック | KS化学専門書（講談社）（2020） |
| Yuka Kataoka, Hiroto Fujita, Tamaki Endoh, Naoki Sugimoto, Masayasu Kuwahara | Effects of Modifying Thioflavin T at the N3-Position on Its G4 Binding and Fluorescence Emission | Molecules, 25, 4936 （2020） |
| D. Banerjee, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, S. Ghosh, T. Endoh, S. Takahashi, N. Sugimoto | Improved nearest-neighbor parameters for the stability of RNA/DNA hybrids under a physiological condition | Nucleic Acids Res., 48(21), 12042-12054（2020） |
| S. Takahashi, P. Herdwijn, N. Sugimoto | Effect of Molecular Crowding on DNA Polymerase Reactions along Unnatural DNA Templates | Molecules, 25(18), 4120（2020） |
| S. Takahashi, H. Okura, P. Chilika, S. Ghosh, N. Sugimoto | Molecular crowding induces primer extension by RNA polymerase through base stacking beyond Watson–Crick rules | RSC Adv., 10, 33052-33058［Selected as a HOT article］（2020） |
| S. Matsumoto, H. Takeishi-Karimata, S. Takahashi, T. Ohyama, N. Sugimoto | Effect of molecular crowding on the stability of RNA G-quadruplexes with various numbers of quartets and lengths of loops | Biochemistry, 59(28), 2640-2649［Selected as a Supplemental Cover］（2020） |
| S. Ghosh, S. Takahashi, T. Ohyama, T. Endoh, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto | Nearest-neighbor parameters for predicting DNA duplex stability in diverse molecular crowding conditions | Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 117(25), 14194-14201（2020） |
| T. Endoh, N. Sugimoto | Signaling Aptamer Optimization through Selection Using RNA-Capturing Microsphere Particles | Anal. Chem., 92(11), 7955-7963（2020） |
| Y. Teng, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto | RNA G-quadruplexes facilitate RNA accumulation in G-rich repeat expansions | Biochemistry, 59(21), 1972–1980［Selected as a Front Cover］（2020） |
| M. Kovačič, P. Podbevšek, H. Tateishi-Karimata, S. Takahashi, N. Sugimoto, and J. Plavec | Thrombin binding aptamer G-quadruplex stabilized by pyrene-modified nucleotides | Ncleic Acids Res, 48(7), 3975-3986（2020） |
| H. Tateishi-Karimata, D. Banerjee, T. Ohyama, S. Matsumoto, D. Miyoshi, S. Nakano, and N. Sugimoto | Hydroxyl groups in cosolutes regulate the G-quadruplex topology of telomeric DNA | Biochem. Biophys. Res. Commun., 525, 177-183（2020） |
| H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, T. Muraoka, S. Tanaka, K. Kinbara, and N. Sugimoto | New Modified Deoxythymine with Dibranched Tetraethylene Glycol Stabilizes G-Quadruplex Stuctures | Molecules, 25(3), 705（2020） |
| H. Tateishi-Karimata and N. Sugimoto | Chemical biology of non-canonical structures of nucleic acids for therapeutic applications | Chem. Commun. , 56, 2379-2390（2020） |
| Y. Teng, T. Ohyama, H. Tateishi-Karimata, and N. Sugimoto | Effect of Potassium Concentration on Triplex Stability under Molecular Crowding Conditions | Molecules, 25(2), 387（2020） |
| S. Takahashi, S. Bhattachargee, S. Ghosh, N. Sugimoto, and S. Bhowmik | Preferential targeting cancer-related i-motif DNAs by the plant flavonol fisetin for theranostics applications | Sci. Rep., 10, 2504（2020） |
| Shuichi Nakano, Hirofumi Yamashita, Kazuya Tanabe, and Naoki Sugimoto | Bulky cations greatly increase the turnover of a native hammerhead ribozyme | Royal Society of Chemistry, 9(61), 35820-35824（2019） |
| 高橋俊太郎, 杉本直己 | 分子夾雑系の生命化学（２）–遺伝子発現のデジタル挙動とアナログ挙動– | 現代化学（化学同人）, 575, 34-38（2019） |
| M. Kuwahara, H. Fujita, Y. Kataoka, Y. Nakajima, M. Yamada, and N. Sugimoto | In situ condensation of an anti-cancer drug into fibrin gel enabling effective inhibition of tumor cell growth | Chem Commun (Camb), 55, 11679-11682（2019） |
| S. Nakano, T. Ayusawa, Y. Tanino, and N. Sugimoto | Stabilization of DNA Loop Structures by Large Cations | J Phys Chem B., 123, 7687-7694（2019） |
| S. Takahashi and N. Sugimoto | Quantitative Analysis of Stall of Replicating DNA Polymerase by G-Quadruplex Formation | Methods in Molecular Biology (Methods Mol. Biol.)Springer, 2035, 257-274（2019） |
| T. Endoh and N. Sugimoto | Conformational Dynamics of the RNA G-Quadruplex and its Effect on Translation Efficiency | Molecules, 24, 1613（2019） |
| T. Endoh, T. Ohyama, and N. Sugimoto | RNA-Capturing Microsphere Particles (R-CAMPs) for Optimization of Functional Aptamers | Samll, 1805062（2019） |
| 高橋俊太郎、杉本直己 | 平成の化学キーワード 核酸の多様性を生みだすもう一つの塩基対相互作用 フーグスティーン塩基対 | 化学（化学同人）, 74, 24-25（2019） |
| S. Bhowmik, S. Takahashi, and N. Sugimoto | Lighting up of thiazole orange on G-quadruplex DNA by high pressure | ACS Omega, 4, 4325-4329（2019） |
| S. Takahashi, H. Okura, and N. Sugimoto | Bisubstrate function of RNA polymerases triggered by molecular crowding conditions | Biochemistry, 58, 1081-1093[Selected as a Supplementary Cover]（2019） |
| S. Ghosh, S. Takahashi, T. Endoh, H. Tateishi-Karimata, S. Hazra, and N. Sugimoto | Validation of the Nearest-neighbor Model for Watson–Crick Self-complementary DNA Duplexes in Molecular Crowding Condition | Nucleic Acids Res., 47, 3284-3294（2019） |
| S. Takahashi, J. Yamamoto, A. Kitamura, M. Kinjo, and N. Sugimoto | Characterization of intracellular crowding environments with topology-based DNA quadruplex sensors | Anal. Chem., 91(4), 2586-2590 [Selected as a Supplementary Cover]（2019） |
| Y. Teng, H. Tateishi-Karimata, and N. Sugimoto | C-rich sequence in a non-template DNA strand regulates structure change of G-quadruplex in a template strand during transcription | Bull. Chem. Soc. Jpn., 92, 572-577（2019） |
| T. Yamauchi, N. Sugimoto | Development and Application of a Highly Efficient Protein Synthesis Technique Using Riboswitches in Microorganisms | Applied RNA Bioscience (Springer), 11, 33-46（2018） |
| 建石寿枝、杉本直己 | 15章 新しい核酸医薬システムの構築 | CSJカレントレビュー「生命機能に迫る分子化学」（化学同人）, 30, 136-143 （2018） |
| 大山達也, 建石寿枝, 田中成典, 杉本直己 | テトラエチレングリコールで修飾されたグアニン四重鎖の安定性の分子動力学計算による解析 | 日本核酸化学会誌, 2, 3-10（2018） |
| S. Takahashi, B. Chelobanov, K. T. Kim, B. H. Kim, D. Stetsenko, and N. Sugimoto | Design and Properties of Ligand-Conjugated Guanine Oligonucleotides for Recovery of Mutated G-Quadruplexes | Molecules, 23, 3228（2018） |
| Y. Teng, H. Tateishi-Karimata, T. Tsuruoka, and N. Sugimoto | A Turn-On Detection of DNA Sequences by Means of Fluorescence of DNA-Templated Silver Nanoclusters via Unique Interactions of a Hydrated Ionic Liquid | Molecules, 23, 2889（2018） |
| C. Zhao, H. Song, P. Scott, A. Zhao, H. Tateishi-Karimata, N.Sugimoto, J. Ren, and X. Qu | Mirror-image Dependence: Targeting Enantiomeric G-quadruplex DNA by 10 Pairs of Triplex Metallohelices | Angew. Chem. Int. Ed., 57, 15723-15727（2018） |
| T. Endoh and N. Sugimoto | Co-Transcriptional Molecular Assembly Results in a Kinetically Controlled Irreversible RNA Conformational Switch | Anal. Chem., 99, 11193-11197（2018） |
| Keiko Kawauchi, Wataru Sugimoto, Takatoshi Yasui, Kohei Murata, Katsuhiko Itoh, Kazuki Takagi, Takaaki Tsuruoka, Kensuke Akamatsu, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi | An anionic phthalocyanine decreases NRAS expression by breaking down its RNA G-quadruplex | Nature Communications, 9, 2271（2018） |
| H. Tateishi-Karimata and N. Sugimoto | Biological and nanotechnological applications using interactions between ionic liquids and nucleic acids | Biophysical Reviews, SpringerLink, 10, 931-940 （2018） |
| T. Yamauchi and N. Sugimoto | Development and Application of a Highly Efficient Protein Synthesis Technique Using Riboswitches in Microorganisms | Applied RNA Bioscience (Springer), 33-46（2018） |
| A. B. Rode, T. Endoh, and N. Sugimoto | Crowding Shifts the FMN Recognition Mechanism of Riboswitch Aptamer from Conformational Selection to Induced Fit | Angew. Chem. Int. Ed., 57, 6868-6872（2018） |
| S. Takahashi, K. T. Kim, P. Podbevsek, J. Plavec, B. H. Kim, and N. Sugimoto | Recovery of the formation and function of oxidized G-quadruplexes by a pyrene-modified guanine-tract | J. Am. Chem. Soc., 140, 5774–5783[Selected as a Supplementary Cover]（2018） |
| S. Nakano, T. Watabe, and N. Sugimoto | Modulation of Ribozyme and Deoxyribozyme Activities Using Tetraalkylammonium Ions | Chem. Phys. Chem., 18, 3614-3619（2018） |
| M. Trajkovski, T, Endoh, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, S. Tanaka, J. Plavec, and N. Sugimoto | Pursuing origins of (poly)ethylene glycol-induced G-quadruplex structural modulations | Nucleic Acids Res., 46, 4301-4315（2018） |
| E. Natan, T. Endoh, L. Haim-Vilmovsky, T. Flock, G. Chalancon, J. T. S. Hopper, B. Kintses, P. Horvath, L. Daruka, G. Fekete, C. Pál, B. Papp, E. Oszi, Z. Magyar, J. A. Marsh, A. H. Elcock, M. N. Babu, C. V. Robinson, N. Sugimoto, S. A. Teichmann | Cotranslational protein assembly imposes evolutionary constraints on homomeric proteins | Nat Struct Mol Biol., 25, 279-288（2018） |
| N. Satoa, S. Takahashi, H. Tateishi-Karimata, M. E. Hazemi, T. Chikuni, K. Onizuka, N. Sugimoto and F. Nagatsugi | Alkylating Probes for G-Quadruplex Structure and Evaluation of the Properties of the Alkylated G-Quadruplex DNA | Org. Biomol. Chem., 16, 1436-1441（2018） |
| H. Tateishi-Karimata, K. Kawauchi, and N. Sugimoto | Destabilization of DNA G-quadruplexes by chemical environment changes during tumor progression facilitates transcription | J. Am. Chem. Soc. [Highligted as a Supplementary Cover], 140, 642-651（2018） |
| Y. Teng, S. Pramanik, H. Tateishi-Karimata, T. Ohyama, and N. Sugimoto | Drastic stability change of X-X mismatch in d(CXG) trinucleotide repeat disorders under molecular crowding condition | Biochem. Biophys. Res. Commun., 496, 601-607（2018） |
| 建石寿枝, 杉本直己 | 第4章 遺伝子診断の新手法 | CSJカレントレビュー「医療・診断・創薬の化学」（化学同人）, 24,, 69-77（2017） |
| T. Endoh and N. Sugimoto | Conformational Dynamics of mRNA in Gene Expression as New Pharmaceutical Target | Chem. Rec. [Highlighted as a Front Cover], 17, 817-832（2017） [in press] |
| H. Fujita, Y. Kataoka, R. Nagano, Y. Nakajima, M. Yamada, N. Sugimo, M. Kuwahara | Specific Light-Up System for Protein and Metabolite Targets Triggered by Initiation Complex Formation | Sci. Rep., 7, 15191（2017） |
| S. Takahashi, J. A. Brazier, N. Sugimoto | Topological impact of noncanonical DNA structures on Klenow fragment of DNA polymerase. | Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 114, 9605-9610（2017） |
| S. Takahashi, N. Sugimoto | Volumetric contributions of loop regions of G-quadruplex DNA to the formation of the tertiary structure | Biophys. Chem., 231, 146-154（2017） |
| 高橋俊太郎、杉本直己 | 分子クラウディングワールドークラウディングによる疾患や分子進化の化学的制御 | 化学（化学同人）, 72, 12-17（2017） |
| S. Takahashi and N. Sugimoto | Quantitative analysis of nucleic acid stability with ligands under high pressure to design novel drugs targeting G-quadruplexes | Curr. Protoc. Nucleic. Acid Chem., 70, 17.9.1–17.9.17.（2017） |
| J. Zhou, S. Amrane, F. Rosu, G.F. Salgado, Y. Bian, H. Tateishi-Karimata, E. Largy, D. N. Korkut, A. Bourdoncle, D. Miyoshi, J. Zhang, H. Ju, W. Wang, N. Sugimoto, V. Gabelica, and J. Mergny | Unexpected Position-Dependent Effects of Ribose G‑Quartets in G‑Quadruplexes | J. Am. Chem. Soc., 139, 7768-7779（2017） |
| H.Tateishi-Karimata, T.Ohyama, T.Muraoka, P.Podbevsek, AM.Wawro, S.Tanaka, S.Nakano, K.Kinbara, J.Plavec, N.Sugimoto | Newly characterized interaction stabilizes DNA structure: oligoethylene glycols stabilize G-quadruplexes CH-π interactions | Nucleic Acids Res. [Highlighted as a Front Cover], 45, 7021-7030（2017） |
| 杉本直己 | 生体分子化学 基礎から応用まで | 講談社（2017） |
| SI. Nakano, N. Sugimoto | Model studies of the effects of intracellular crowding on nucleic acid interactions | Mol Biosyst., 13, 32-41（2017） |
| A. Pica, I. R. Krauss, V. Parente, H. Tateishi-Karimata, S. Nagatoishi, K. Tsumoto, N. Sugimoto and F. Sica | Through-bond effects in the ternary complexes of thrombin sandwiched by two DNA aptamers | Nucleic Acids Res., 45, 461-469（2017） |
| T. Fujii, P. Podbevšek, J. Plavec, N. Sugimoto | Effects of metal ions cosolutes on G-quadruplex topology | Journal of Inorganic Biochemistry, 166, 190-198（2017） |
| S. Takahashi, S. Bhowmik and N. Sugimoto | Volumetric analysis of formation of the complex of G-quadruplex DNA with hemin using high pressure | Journal of Inorganic Biochemistry, 166, 199-207（2017） |
| S. Nakano, N. Sugimoto | The structural stability and catalytic activity of DNA and RNA oligonucleotides in the presence of organic solvents | Biophys. Rev., , 8, 11-23（2016） |
| 建石寿枝,杉本直己 | 特集/ケミカルバイオロジーの新展開「水和イオン液体を使って核酸の機能を制御する」 | 化学工業（化学工業社）, 67, 641-646 （2016） |
| T. Endoh, C. Annoni, D. Hnedzko, E. Rozners, N. Sugimoto | Triplex-forming PNA modified with unnatural nucleobases: the role of protonation entropy in RNA binding | Phys. Chem. Chem. Phys., 18, 32002-32006（2016） |
| 杉本直己 | 核酸化学が面白い To B, or not to B | 化学と工業, 69 (12), 1058-1060（2016） |
| Y. Ueda, Y. Zouzumi, A. Maruyama, S. Nakano, N. Sugimoto and D. Miyoshi | Effects of trimethylamine N-oxide and urea on DNA duplex and G-quadruplex | Science and Technology of Advanced Materials, 17, 753-759（2016） |
| S. Nakano, Y. Tanino, H. Hirayama, N. Sugimoto | Thermal stability of RNA structures with bulky cations in mixed aqueous solutions | Biophysical Journal, 111, 1350-1360（2016） |
| A.B. Rode, T. Endoh, N. Sugimoto | tRNA shifts the G-quadruplex-hairpin confomational equilibrium in RNA towards the hairpin conformer [Selected as an inside Back Cover] | Angew. Chem. Int. Ed., 46, 14315-14319（2016） |
| S. Takahashi and N. Sugimoto | Pressure effect on the folding of G-quadruplex DNA modified with hexaethylene glycol | Mol. Enz. Drug Targ., 2, 3（2016） |
| 建石寿枝、杉本直己 | 特集/ケミカルバイオロジーの新展開「水和イオン液体を使って核酸の機能を制御する」 | 化学工業（化学工業社）, 67, 641-646（2016） |
| M. Nakano, H. Tateishi-Karimata, S.Tanaka, F. Tama, O. Miyashita, S. Nakano, and N.Sugimoto | Local thermodynamics of the water molecules around single- and double-stranded DNA studied by grid inhomogeneous solvation theory | Chemical Physics Letters, 660, 250–255（2016） |
| H. Fujita, Y. Kataoka, S. Tobita, M. Kuwahara, N. Sugimoto | Novel one-tube-one-step real-time methodology for rapid transcriptomic biomarker detection: signal amplification by ternary initiation complexes | Anal. Chem., 88, 7137-7144（2016） |
| H. Tateishi-Karimata, T. Muraoka, K. Kinbara, N. Sugimoto | G-quadruplexes with tetraethylene glycol-modified deoxythymidines are resistant to nucleases and inhibit HIV-1 reverse transcriptase [Selected as a Front Cover] | ChemBioChem., 17, 1399-1402（2016） |
| Nonoka Yamaguchi, Yu-ki Zouzumi, Naohiko Shimada, Shuichi Nakano, Naoki Sugimoto, Atsushi Maruyama, Daisuke Miyoshi | A reversible B-A transition of DNA duplexes induced by synthetic cationic copolymers | Chem. Commun., 52, 7446-7449（2016） |
| C. Annoni, T. Endoh, D. Hnedzko, E. Rozners, N. Sugimoto | Triplex-forming peptide nucleic acid modified with 2-aminopyridine as a new tool for detection of A-to-I editing [Selected as a Back Cover] | Chem Commun., 52, 7935-7938（2016） |
| S. Nakano, H. Oka, M. Fujii and N. Sugimoto | Use of a ureido-substituted deoxycytidine module for DNA assemblies | Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids., 35, 370-378（2016） |
| T. Endoh, N. Sugimoto | Mechanical insights into ribosomal progression overcoming RNA G-quadruplex from periodical translation suppression in cells | Sci. Rep., 6, 22719（2016） |
| H. Tateishi-Karimata and N. Sugimoto | Expansion of the DNA 'alphabet' beyond natural DNA recognition | ChemBioChem., 17, 1301-1303（2016） |
| A. Zhao, C. Zhao, H. Tateishi-Karimata, J. Ren, N. Sugimoto, X. Qu | Incorporation of O6-methylguanine restricts the conformational conversion of the human telomere G-quadruplex under molecular crowding conditions | Chem. Commum., 52, 1903-1906（2016） |
| T. Endoh, A. B. Rode, S. Takahashi, Y. Kataoka, M. Kuwahara, N. Sugimoto | Real-time monitoring of G-quadruplex formation during transcription | Anal. Chem., 88, 1984-1989（2016） |
| Jun Zhou, Hisae Tateishi-Karimata, Jean-Louis Mergny, Mingpan Cheng, Zhaochi Feng, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, Can Li | Reevaluation of the stability of G-quadruplex structures under crowding conditions | Biochimie., 121, 204–208（2016） |
| M. Ozaki, K. Nagai, H. Nishiyama, T. Tsuruoka, S. Fujii, T. Endoh, T. Imai, K.-y. Tomizaki, K. Usui* | Site-Specific Control of Silica Mineralization on DNA Using a Designed Peptide | Chem. Commun., 52, 4010-4013（2016） |
| T. Endoh, D. Hnedzko, E. Rozners, and N. Sugimoto | Nucleobase-modified PNA suppresses translation by forming a triple helix with a hairpin structure in mRNA in vitro and in cells [Selected as a cover art] | Angew. Chem. Int. Ed., 55, 899-903（2016） |
| S. Nakano and N. Sugimoto | The structural stability and catalytic activity of DNA and RNA oligonucleotides in the presence of organic solvents | Biophysical Reviews., 8, 11-23（2016） |
| S. Takahashi, N. Sugimoto | Effect of molecular environment and high pressure on the thermodynamic stability of nucleic acid structures | Rev. High Pres. Sci. Tech., , 25, 116-125 （2015） |
| N. Sugimoto | Regulation of transcription and translation by quadruplex structure of nucleic acids and its stabilizers | Bull. Jpn. Soc. Coord. Chem., 65, 23-29（2015） |
| M. Nakano, H. Tateishi-Karimata, S. Tanaka, F. Tama, O. Miyashita, S. Nakano, N. Sugimoto | Thermodynamic properties of water molecules in the presence of cosolute depend on DNA structure: a study using grid inhomogeneous solvation theory | Nucleic Acids Res., 43, 10114-10125（2015） |
| S. Takahashi and N. Sugimoto | Pressure-dependent formation of i-motif and G-quadruplex DNA structures | Phys. Chem. Chem. Phys., 17, 31004-31010（2015） |
| Shu-ichi Nakano, Yuichi Kitagawa, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto | Effects of background anionic compounds on the activity of the hammerhead ribozyme in Mg2+-unsaturated solutions | J. Biol. Inorg. Chem. , 20, 1049-1058（2015） |
| T. Endoh and N. Sugimoto | Rational design and tuning of functional RNA switch to control an allosteric intermolecular interaction | Anal. Chem., 87, 7628–7635（2015） |
| A.B. Rode, T. Endoh, and N. Sugimoto | Key tertiary interactions in FMN riboswitch aptamers required for ligand binding [Highlighted as a Selected Paper] | Bull. Chem. Soc. Jpn., 88, 946-948（2015） |
| S. Nakano, Y. Kitagawa, H. Yamashita, D. Miyoshi, N. Sugimoto | Effects of cosolvents on the folding and catalytic activities of the hammerhead ribozyme | ChemBioChem., 16, 1803-1810（2015） |
| T. Fujii and N. Sugimoto | Loop nucleotides impact the stability of intrastrand i-motif structures at neutral pH | Phys. Chem. Chem. Phys., 17, 16719-16722（2015） |
| H. Tateishi-Karimata, S. Pramanik, and N. Sugimoto | DNA sensor's selectivity enhancement and protection from contaminating nucleases due to a hydrated ionic liquid | Analyst. [Highligted as a Supplementary Cover], 140, 4393-4398（2015） |
| Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto | A mRNA-responsive G-quadruplex-based drug release system | Sensors., 15(4), 9388-9403（2015） |
| Ryuichi Maeda, Hidenobu Yaku, Takakazu Nakabayashi, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi | DNA G-quadruplex detection system employing a protein fibril ligand | Telomere and Telomerase., 2, e691（2015） |
| H. Tateishi-Karimata, M. Nakano, S. Pramanik, S. Tanaka, and N. Sugimoto | i-motifs are more stable than G-quadruplexes in a hydrated ionic liquid | Chem. Commun., 51, 6909-6912（2015） |
| Yu-mi Ueda, Tomohiro Konno, Kazuhiko Ishihara, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi | DNA structures under molecular crowding conditions with a phosphorylcholine derivative (MPC) | Transact. Mater. Res. Soc. Japan., 40, 99-102（2015） |
| M. Nakano, H. Tateishi-Karimata, S. Tanaka, and N. Sugimoto | Choline ions stabilize A-T base pairs by fitting into minor groove | JPS Conf. Proc., 5, 011008（2015） |
| K. Usui, A. Okada, K. Kobayashi, N. Sugimoto | Control of guanine-rich DNA secondary structures depending on the protease activity using a designed PNA peptide | Org. Biomol. Chem., 13, 2022-2025（2015） |
| Haiwei Ji, Yijia Guan, L Wu, Jinsong Ren, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto Xiaogang Qu | A fluorescent probe for detection of an intracellular prognostic indicator in early-stage cancer (10.1039/c4cc08789e) | Chem. Commun., 51, 1479-1482)（2015） |
| M. Marušič, H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto, and J. Plavec | Structural foundation for DNA behavior in hydrated ionic liquid: An NMR study | Biochimie, 108, 169-177（2015） |
| A.B.Rode, T. Endoh, N. Sugimoto | Tuning riboswitch-mediated gene regulation via rational control of aptamer ligand binding properties | Angew. Chem. Int. Ed., 54, 905-909（2015） |
| H. Tateishi-Karimata, N. Sugimoto | Stracture, stability and behavior of nucleic acids in ionic liquids | Nucleic Acids Research, 1（2014） |
| 高橋俊太郎, 杉本直己 | 高圧下での核酸の挙動 | CSJカレントレビュー 極限環境の生命化学（化学同人）, 17, 110-118 （2014） |
| H. Tateishi-Karimata and N. Sugimoto | Structure, stability and behavior of nucleic acids in ionic liquids | Nucleic Acids Res., 42, 8831-8844（2014） |
| S. Nakano and N. Sugimoto | Roles of the amino group of purine bases in thermodynamic stability of DNA base paring | Molecules, 19, 11613-11627（2014） |
| Shu-ichi Nakano, Masatoshi Yoshida, Daisuke Yamaguchi, Naoki Sugimoto | Preparation of hydrogels for the study of the effects of spatial confinement on DNA | Transact. Mat. Res. Soc. Japan, 39, 435-438（2014） |
| B. Xu, C. Zhao, Y. Chen, H. Tateishi-Karimata, J. Ren, N. Sugimoto, and X. Qu | Methyl substitution regulates the enantioselectivity of supramolecular complex binding to human telomeric G-Quadruplex DNA | Chem. Eur. J., 20, 16467-16472（2014） |
| Smritimoy Pramanik, Hisae Tateishi-Karimata, Naoki Sugimoto | Organelle-Mimicking Liposome Dissociates G-quadruplexes and Facilitates Transcription | Nucleic Acids Research, 42, 12949-12959（2014） |
| 建石 寿枝、遠藤 玉樹、杉本 直己 | 先制医薬学における核酸の非二重らせん構造の役割 | Antisense 学術・技術トピックス アンチセンス研究入門58, 18, 7-19（2014） |
| T. Enhoh, N. Sugimoto | Aptamer-Based Universal Fluorometric Sensors Based on Allosteric Modulation of RNA-Peptide Interactions | ChemMedChem, Sep; 9(9), 2045-2048（2014） |
| M. Nakano, H. Tateishi-Karimata, S. Tanaka, and N. Sugimoto | The affinity of molecular ions for DNA Structures is determined by solvent accessible surface area | J. Phys. Chem. B, 118, 9583-9594（2014） |
| H. Tateishi-Karimata, S. Pramanik, S. Nakano, D. Miyoshi and N. Sugimoto | Dangling ends perturb the stability of RNA duplex responsive to surrounding condition | ChemMedChem, Sep; 9(9), 2150-2155（2014） |
| Daisuke Miyoshi, Yu-mi Ueda, Naohiko Shimada, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto, Atsushi Maruyama | Drastic stabilization of parallel DNA hybridizations by a polylysine comb-type copolymer with hydrophilic graft chain | ChemMedChem (Back cover), Sep; 9(9), 2156-2163（2014） |
| 三好大輔、上田侑美 | グラフェンと生体分子を用いたバイオセンサー | バイオサイエンスとインダストリー, 72 (2), 117-120（2014） |
| 杉本直己 | 巻頭言 時代遅れの科学者 | 生命化学研究レター（日本化学会）, No.44（2014） |
| 杉本直己, 高橋俊太郎 | 高圧下での核酸の挙動 | CSJカレントレビュー 極限環境の生命化学（化学同人）, 17, 110-118（2014） |
| H. Tateishi-Karimata, N. Isono, and N. Sugimoto | New insights into transcription fidelity : thermal stability of non-canonical structures in template DNA regulates transcriptional arrest, pause, and slippage | PLoS ONE, DOI :10.1371 （2014） |
| N. Sugimoto | Noncanonical Structures and Their Thermodynamics of DNA and RNA Under Molecular Crowing: Beyond the Watson-Crick Double Helix | International Review of Cell and Molecular Biology(Elsevier), 307, 205-273（2014） |
| N. Sugimoto | Effect of Ionic Liquid and Liposomes on the Structure, Stability, and Function of Nucleic Acids | Chemical Biology of Nucleic Acids:Fundamentals and Clinical Applications(Springer), 89-110（2014） |
| 杉本直己, 遠藤玉樹 | ＲＮＡとタンパク質で発光する分子センサーの開発 | 工業材料（日刊工業出版プロダクション）, 61(12), 22-25（2014） |
| H. Tateishi-Karimata, M. Nakano, and N. Sugimoto | Comparable stability of Hoogsteen and Watson-Crick base pairs in ionic liquid choline dihydrogen phosphate | Sci. Rep., 4, 3593（2014） |
| M. Nakano, H. Tateishi-Karimata, S. Tanaka and N. Sugimoto | Choline ion interactions with DNA atoms explain unique stabilization of A-T base pairs in DNA duplexes: A microscopic view. | J. Phys. Chem. B., 118, 379-389（2014） |
| H. Tateishi-Karimata and N. Sugimoto | Control of stability and structure of nucleic acids using cosolutes | Methods, 67, 151-158 （2014） |
| Shu-ichi Nakano, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto | Effects of Molecular Crowding on the Structures, Interactions, and Functions of Nucleic Acids | Chem. Rev. , 114(5), 2733-2758（2014） |
| Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto | In Vitro Assays Predicting of Telomerase Inhibitory Effect of G-Quadruplex Ligands in Cell Nuclei | J. Phys. Chem. B, 118, 2605-2614（2014） |
| Li Wu, Jiasi Wang, Meili Yin, Jinsong Ren, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, Xiaogang Qu | Reduced Graphene Oxide Upconversion Nanoparticle Hybrid for Electrochemiluminescent Sensing of a Prognostic Indicator in Early-Stage Cancer | Small, 10, 330-336（2014） |
| A. Okada, M. Taniguchi, D. Miyoshi, N. Sugimoto | Peptide-DNA hybrid G-quadruplex structures for regulation of protein expression depending on protease activity | Peptides, 180（2013） |
| 遠藤玉樹、杉本直己 | 「タンパク質の分解を“コード”するmRNAの発見－RNAはタンパク質のライフサイクルを制御しているのか？」 | 化学, 6（2013） |
| A. Pica, I. Russo Krauss, A. Merlino, S. Nagatoishi, N. Sugimoto and F. Sica | Dissecting the contribution of thrombin exosite I in the recognition of thrombin binding aptamer | FEBS J., 280, 6581-6588（2013） |
| T. Endoh, and N. Sugimoto | Unusual-1 Rebosomal Frameshift Caused by Stable RNA G-Quadruplex in Open Reading Frame | Anal. Chem., 85, 11435-11439（2013） |
| 杉本直己 | 巻頭言 風前の科学者 | 生命化学研究レター（日本化学会）, No.43（2013） |
| D. Miyoshi, T. Fujimoto, and N. Sugimoto | Chapter 5, Molecular Crowding and Hydration Regulating of G-Quadruplex | Quadruplex Nucleic Acids (Springer), 330, 87-110（2013） |
| 杉本直己 | 私の自慢「知の系譜:挑戦するオストワルト・ギブスの末裔たち-物理化学は細胞の中へ、極限状態の生命へ」 | 化学と工業（日本化学会）, 66（２）, 125-127（2013） |
| H. Tateishi-Karimata, S. Nakano, and N. Sugimoto | Quantitative analyses of nucleic acid stability under the molecular crowding condition induced by cosolutes | Curr. Protoc. Nucleic Acid Chem., 7, 7.19 （2013） |
| Y. Imaizumi, Y. Kasahara, H. Fujita, S. Kitadume, H. Ozaki, T. Endoh, M. Kuwahara ,and N. Sugimoto | Efficacy of base-modification on target binding of small molecule DNA aptamers | J. Am. Chem. Soc., 135, 9412-9419（2013） |
| S. Nakano, Y. Uotani, Y. Sato, H. Oka, M. Fujii, and N. Sugimoto | Conformational changes of the phenyl and naphthyl isocyanate-DNA adducts during DNA replication and by minor groove binding molecules | Nucleic. Acids. Res., 41, 8581-8590（2013） |
| S. Takahashi and N. Sugimoto | Effect of pressure on thermal stability of G-quadruplex DNA and double-stranded DNA structures | Molecules, 18, 13297-13319（2013） |
| S. Takahashi and N. Sugimoto | Effect of pressure on the stability of G-quadruplex DNA: Thermodynamics under crowding conditions | Angew. Chem. Int. Ed., 52, 13774-13778（2013） |
| Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto | A Highly Sensitive Telomerase Activity Assay that Eliminates False-Negative Results Caused by PCR Inhibitors | Molecules, 18 (10), 11751-11767（2013） |
| Arisa Okada, Mai Taniguchi, Kenji Usui, Naoki Sugimoto | Peptide-DNA Hybrid G-Quadruplex Structures for Regulation of Protein Expression Depending on Protease Activity | Peptides, 2013, 180（2013） |
| Y. Imaizumi, Y. Kasahara, S. Kitadume, H. Ozaki, T. Endoh, M. Kuwahara and N. Sugimoto | Efficacy of Base-modification on Target Binding of Small Molecule DNA Aptamers | J. Am. Chem. Soc., 135, 9412-9419（2013） |
| H. Fujita, Y. Imaizumi, Y. Kasahara, S. Kitadume, H. Ozaki, M. Kuwahara, and N.Sugimoto | Structural and Affinity Analyses of G-Quadruplex DNA Aptamers for Camptothecin Derivatives | Pharmaceuticals, 6, 1082-1093（2013） |
| Adrien Marchand, Ruben Ferreira, Hisae Tateishi-Karimata, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, Valerie Gabelica | Sequence and Solvent Effects on Telomeric DNA Bimolecular G-Quadruplex Folding Kinetics | J. Phys. Chem. B, 117(41), 12391-12401（2013） |
| Valerie Gabelica, Ryuichi Maeda, Takeshi Fujimoto, Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Naoki Sugimoto, and Daisuke Miyoshi | Multiple and cooperative binding of fluorescence light-up probe Thioflavin T with human telomere DNA G-quadruplex | Biochemistry, 52, 5620-5628（2013） |
| T. Endoh and N. Sugimoto | Selection of RNAs for Constructing Lighting-UP Biomolecular Switches in Response to Specific Small Molecules | PLoS ONE, 8, e60222（2013） |
| T. Endoh, Y. Kawasaki and N. Sugimoto | Suppression of Gene Expression by G-quadruplexes in Open Reading Frames Depends on G-quadruplex Stability | Angew. Chem. Int. Ed., 52, 5522-5526（2013） |
| T. Endoh, Y. Kawasaki and N. Sugimoto | Stability of RNA quadruplex in open reading frame determines proteolysis of human estrogen receptor α | Nucleic Acids Research, 41, 6222-6231（2013） |
| A. B. Rode, T. Endoh, H. Tateishi-Karimata, S. Takahashi and N. Sugimoto | Real-time monitoring of DNA hybridization kinetics at living cell surfaces | Chem. Commun., 49, 8444-8446（2013） |
| T. Endoh, Y. Kawasaki and N. Sugimoto | Translational halt during elongation caused by G-quadruplex formed by mRNA | Methods, 64, 73-78（2013） |
| K. Usui, T. Kikuchi, K.-y. Tomizaki, T. Kakiyama, H. Mihara | A Novel Array Format for Monitoring Cellular Uptake Using a Photo-Cleavable Linker for Peptide Release | Chem. Commun., 49, 6394-6396（2013） |
| C. Vilaivan, W. Srinarang, N. Yotapan, W. Mansawat, C. Boonlua, J. Kawakami, Y. Yamaguchi, Y. Tanaka, and T. Vilaivan | Specific recognition of cytosine by hypoxanthine in pyrrolidinyl peptide nucleic acid | Org. Biomol. Chem., 11, 2310-2317（2013） |
| T. Kakiyama, K. Usui, K.-y. Tomizaki, M. Mie, E. Kobatake, H. Mihara | A peptide release system using a photo-cleavable linker in a cell array format for cell-toxicity analysis | Polym. J., 45, 535-539（2013） |
| K. Usui, T. Kikuchi, M. Mie, E. Kobatake, H. Mihara | Systematic screening of the cellular uptake of designed alpha-helix peptides. | Bioorg. Med. Chem., 21, 2560（2013） |
| Arisa Okada, Kenji Usui, Mai Taniguchi, Keita Kobayashi, Naoki Sugimoto | Construction of Artificial Peptides for Control of DNA G-quadruplex Structures Depending on Protease Activity toward Regulation of Protein Expression | Peptide Science 2012, 285-286（2013） |
| H. Yaku, T. Murashima, H. Tateishi-Karimata S. Nakano, D. Miyoshi and N. Sugimoto | Study on Effects of Molecular Crowding on G-quadruplex-ligand Binding and Ligand-mediated Telomerase Inhibition | Methods, 64, 19-27（2013） |
| Takeshi Fujimoto, Shu-ichi Nakano, Naoki Sugimoto, Daisuke Miyoshi | Thermodynamics - Hydration Relationships within Loops that Affect G-Quadruplexes under Molecular Crowding Conditions | J. Phys. Chem. B (Highlighted as the cover), 117, 963-972（2013） |
| M. Kuwahara, and N. Sugimoto | Chapter 8, Nucleic Acid Aptamers as Molecular Tags for Omics Analyses Involving Sequencing | DNA SEQUENCING, METHODS AND APPLICATIONS (InTech), 157-174（2012） |
| 長門石曉, 杉本直己 | 新しい薬学辞典 | A12 核酸医薬（朝倉書店）, 46-50（2012） |
| 遠藤玉樹, 杉本直己 | 細胞内核酸化学 | ここまで進んだバイオセンシング・イメージング 1分子から細胞、脳まで(ＣＳＪカレントレビュー), 86-91（2012） |
| 杉本直己, 三好大輔 | シグナル解析を目指した機能性核酸の構築 細胞定量解析の最前線-ライフサーベイヤ構築に向けて- | シーエムシー出版, 23-37（2012） |
| S. Nakano, H. Oka, D. Yamaguchi, M. Fujii, and N. Sugimoto | Base-pairing selectivity of a ureido-linked phenyl-2'-deoxycytidine derivative | Org Biomol Chem., 10, 9664-9670（2012） |
| 杉本直己 | 先端研究ウォッチング | NEWS LETTER(日本化学会バイオテクノロジー部会), 16, 2-11（2012） |
| S. Nagatoishi and N. Sugimoto | Interaction of water with the G-quadruplex loop contributes to the binding energy of G-quadruplex to protein | Mol Biosyst,, 8, 2766-70 （2012） |
| Bailu Xu, Chuanqi Zhao, Weili Wei, Jinsong Ren, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, and Xiaogang Qu | Aptamer carbon nanodot sandwich used for fluorescent detection of protein | Analyst, 137, 5483-5486（2012） |
| 臼井健二、富崎欣也、三原久和 | “オミクス”研究に向けた設計ペプチドアレイの構築 | 分析化学, 61, 523（2012） |
| Haiqing Yu, Xiaobo Gu, Shu-ichi Nakano, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto | The beads-on-a-string structure of long telomeric DNAs under molecular crowding conditions | J. Am. Chem. Soc. (Higthlighted as the cover and introduced in the Spotslights on Recent JACS Publications), 134, 20060-20069（2012） |
| Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto | Specific Binding of Anionic Porphyrin and Phthalocyanine to the G-Quadruplex with a Variety of in Vitro and in Vivo Applications | Molecules, 17, 10586-10613（2012） |
| Sarika Saxena, Satoru Nagatoishi, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto | Structural and Functional Characterization of RecG Helicase under Dilute and Molecular Crowding Conditions | Journal of Nucleic Acids, 2012, ID 392039（2012） |
| V. Kumar, T. Endoh, K. Murakami and N. Sugimoto | Dehydration from conserved stem regions is fundamental for ligand-dependent conformational transition of the adenine-specific riboswitch | Chem. Commun., 48, 9695-9793（2012） |
| Shu-ichi Nakano, Hidenobu Hirayama, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto | Dimerization of Nucleic Acid Hairpins in the Conditions Caused by Neutral Cosolutes | J. Phys. Chem. B, 116, 7406-7415（2012） |
| Shu-ichi Nakano, Daisuke Yamaguchi, Hisae Tateishi-Karimata, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto | Hydration Changes upon DNA Folding Studied by Osmotic Stress Experiments | Biophysical Journal, 102, 2808-2817（2012） |
| Hidenobu Yaku, Takeshi Fujimoto, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi and Naoki Sugimoto | Phthalocyanines: a new class of G-quadruplex-ligands with many potential applications | Chem. Commun. (Feature Article & Front Cover), 48, 6203-6216（2012） |
| S. Pramanik, S. Nagatoishi, and N. Sugimoto | DNA tetraplex structure formation from human telomeric repeat motif (TTAGGG):(CCCTAA) in nanocavity water pools of reverse micelles | Chem. Commun., 48, 4815 - 4817 （2012） |
| S. Nagatoishi, R. Ono, and N. Sugimoto | The yield of transcripts for RNA polymerase regulated by hairpin structures in nascent RNA | Chem. Commun., 48, 5121-5123（2012） |
| 長門石 曉 | 謎解きは混み合った環境のなかで-細胞内擬似環境下でのヒトテロメアDNAの構造- | 化学, 5, 64-65（2012） |
| K. Usui, K. Kobayashi, N. Sugimoto | Development of PNA-Peptides Controlling DNA G-Quadruplex Structures Depending on Protease Activity | Peptide Science 2011, 315-316（2012） |
| N. Matsui, K. Kobayashi, K. Usui | Screening of Designed Peptides for Binders to a DNA G-Quadruplex Structure | Peptide Science 2011, 313-314（2012） |
| K. Nagahama, K. Shimizu, S. Ichimura, A. Takahashi, T. Ouchi, Y. Ohya | Biodegradable Stereocomplex Materials of Polylactide-grafted Dextran Exhibiting Soft and Tough Properties in Dry and Wet States | Journal of Polymer Science Part A: Polymer Chemistry, 50, 2669-2676（2012） |
| T. Endoh, Y. Kawasaki and N. Sugimoto | Synchronized Translation for Detection of Temporal Stalling of Ribosome during Single-Turnover Translation | Anal. Chem., 84, 857-861（2012） |
| Y. Ohya, A. Takahashi, K. Nagahama | Biodegradable Polymeric Assemblies for Biomedical Materials | Adv. Polym. Sci., 247, 65-114（2012） |
| H. Tateishi-Karimata and N. Sugimoto | A–T Base Pairs are More Stable than G–C Base Pairs in a Hydrated Ionic Liquid | Angew. Chem. Int. Ed., 51, 1416-1419（2012） |
| Lingyan Feng, Li Wu, Jiasi Wang, Jinsong Ren, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, Xiaogang Qu | Detection of a Prognostic Indicator in Early-Stage Cancer Using Functionalized Graphene-Based Peptide Sensors | Advanced Materials, 24, 125-131（2012） |
| 杉本直己 | ポストゲノム時代の生命化学と次世代スパコン | 化学(化学同人）, 4, 31-33（2011） |
| 杉本直己 | フロンティアサイエンスを学ぶ | ＫＯＢＥＣＣＯ2月号（神戸っ子出版）（2011） |
| 杉本直己 | 見て・読んで納得！「ＤＮＡとは何か」 | Ｎｅｗｔｏｎ（Ｎｅｗｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ）, 11, 18-59（2011） |
| S. Nakano, M. Fujii, and N. Sugimoto | Use of nucleic acid analogs for the study of nucleic acid interactions | J. Nucleic Acids., 2011, ID967098（2011） |
| 杉本直己 | 神戸・ひょうごの存在感-先進科学技術と伝統産業の融合 ナノバイオを要として- | 都市政策（財団法人神戸都市問題研究所）, 144, 4-11（2011） |
| S. Nagatoishi, D. Miyoshi and N. Sugimoto | Effects of protein binding on DNA G-quadruplex structures. | Int. Rev. Biophys. Chem., 2, 129-134（2011） |
| 三好大輔 | 細胞内環境因子に応答する核酸デバイスの開発 | 化学と工業（日本化学会）, 64-12, 956（2011） |
| 杉本 直己 | 核酸化学の定量的基礎と仮説 | 核酸化学のニュートレンド（ＣＳＪカレントレビュー・日本化学会編）, 06, 10-17（2011） |
| Daisuke Miyoshi, Friedrich C. Simmel, Souvik Maiti, and Luis A. Marky | Synthesis and Application of Functional Nucleic Acids | Journal of Nucleic Acids, 2011, Article ID 547245（2011） |
| K. Usui, K. Kobayashi, N. Sugimoto | A PNA Peptide Inducing DNAs to Form G-Quadruplex Structures Depending on a Protease Activity | Peptides 2011, 152-153（2011） |
| S. Pramanik, S. Nagatoishi, S Saxena, J. Bhattacharyya, and N. Sugimoto | Conformational flexibility influences degree of hydration of nucleic acid hybrids | J. Phys. Chem. B, 115, 13862-13872（2011） |
| J. Kawakami, Y. Yamaguchi, and N. Sugimoto | Triplet analysis that identifies unpaired regions of functional RNAs | J. Nucleic Acids, 2011, doi:10.4061/2011/471843（2011） |
| S. Nakano, T. Kanzaki, M. Nakano, D. Miyoshi, N. Sugimoto | Measurements of the binding of a large protein using a substrate density-controlled DNA chip | Anal Chem. , 83, 6368-6372 （2011） |
| Misato Tokui, Takahiro Yamauchi, Daisuke Miyoshi, Hisaya Kamiya, Akira Nishimura, Naoki Sugimoto | Rational design of a new IMP aptamer based on a TPP riboswitch and a hypoxanthine aptamer | Chemistry Letters, 40, 1313-1315（2011） |
| T. Andou, T. Endoh, M. Mie and E. Kobatake | Direct detection of RNAs in living cells using peptide-inserted Renilla luciferase | Analyst, 136, 2446-2449（2011） |
| T. Andou, T. Endoh, M. Mie and E. Kobatake | Development of an RNA detection system using bioluminescence resonance energy transfer | Sensor Actuat. B Chem., 152, 277-284（2011） |
| K. Kobayashi, H. Tateishi-Karimata, K. Tsutsui, Y. Wada, and N. Sugimoto | DNA Morphologic Changes Induced by Spermine on a Gold Surface under DNA Crowding Conditions | Chemistry Letters, 40, 855-857 （2011） |
| Takeshi Fujimoto, Shu Ichi Nakano, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto | The effects of molecular crowding on the structure and stability of G-quadruplexes with an abasic site | J. Nucleic Acids, ID: 857149（2011） |
| 三好大輔、杉本直己 | グラフェンを用いたバイオセンサー | 化学（化学同人）, 66 (8), 30-35（2011） |
| Jhimli Bhattacharyya , Souvik Maiti , Sanjukta Muhuri , Shu-ichi Nakano , Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto | Effect of Locked Nucleic Acid Modification on Thermal Stability of Non-canonical DNA Structure | Biochemistry, 50, 7414-7425（2011） |
| Xiaohui Wang, Li Wu, Jinsong Ren, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, and Xiaogang Qu | Label-free colorimetric and quantitative detection of cancer marker protein using noncrosslinking aggregation of Au/Ag nanoparticles induced by target-specific peptide probe | Biosensors and Bioelectronics, 26, 4804-4809（2011） |
| S. Nagatoishi, N. Isono, K. Tsumoto, N. Sugimoto | Hydration is required in DNA G-quadruplex-protein binding | ChemBioChem, 12, 1822-1826（2011） |
| T. Endoh and N. Sugimoto | Gene Regulation System with an Artificial RNA Switch Operating in Human Cell. | ChemBioChem,, 12, 1174-1178 （2011） |
| D. Miyoshi, N. Sugimoto | G-quartet, G-quadruplex, and G-wire Regulated by Chemical Stimuli | DNA Nanotechnology (Methods in Molecular Biology series), 749, 93-104（2011） |
| E. Deguchi, K. Koumoto | Cellular zwitterionic metabolite analogs simultaneously enhance reaction rate, thermostability, salt tolerance, and substrate specificity of alpha-glucosidase | Bioorg. Med. Chem., 19, 3128-3134（2011） |
| 遠藤玉樹、杉本直己 | 遺伝子制御を可能にするRNAの構造スイッチ | ファルマシア, 47, 146-150（2011） |
| S. Nagatoishi, N. Isono, K. Tsumoto, and N. Sugimoto | Loop residues of thrombin-binding DNA aptamer impact G-quadruplex stability and thrombin binding. | Biochimie, 93, 1231-1238（2011） |
| Smritimoy Pramanik, Kaori Nakamura, Kenji Usui, Shu-ichi Nakano, Sarika Saxena, Jun Matsui, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto | Thermodynamic Stability of Hoogsteen and Watson-Crick Base Pairs in the Presence of Histone H3-Mimicking Peptide | Chem. Commun. (Inside Cover), 47, 2790-2792（2011） |
| 杉本直己 | チャレンジロード「機能性核酸の秘密に迫る」 | 未来材料（ＮＴＳ）, 10, 60-64（2010） |
| T. Fujimoto, D. Miyoshi, S. Nakano and N. Sugimoto | Unpaired region affecting hydration state of duplex | Nucleic Acids Symp. Ser. (Oxf)., 54, 210-211（2010） |
| J. Bhattacharyya, S. Maiti, S. Muhuri, D. Miyoshi and N. Sugimoto | Effect of LNA modification on the thermal stability of non-canonical DNA structures | Nucleic Acids Symp. Ser. (Oxf)., 54, 172-173（2010） |
| H. Yaku, T. Murashima, D. Miyoshi and N. Sugimoto | Roles of Anionic Functional Groups in G-quadruplex-ligands for Efficient Telomerase Inhibition | Nucleic Acids Symp. Ser. (Oxf)., 54, 148-149（2010） |
| 杉本直己 | エッセイ パートナーは誰ですか | 三洋化成ニュース（三洋化成工業株式会社）（2010） |
| M. Mie, R. Sugita, T. Endoh and E. Kobatake | Evaluation of small ligand-protein interactions by using T7 RNA polymerase with DNA-modified ligand | Anal. Biochem., 405, 109-113（2010） |
| T. Endoh and T. Ohtsuki | Cellular siRNA delivery using TatU1A and photo-induced RNA interference | Methods Mol. Biol., 623, 271-281（2010） |
| Y. Tanaka, K. Ishidate, K. Kishimoto, N. Sugimoto, and J. Kawakami | Comparative thermodynamic analysis of RNA-protein interaction on surface and in solution | Proc. 37th Intl. Symp. Nucleic Acids Chemistry, 276-277（2010） |
| K. Usui, K. Kobayashi, N. Sugimoto | PNA-Peptide Conjugates for Regulation of DNA and RNA G-Quadruplex Structures Depending on a Particular Protease Concentration | Peptides 2010, 608-609（2010） |
| K. Usui, M. Mie, T. Andou, N. Sugimoto, H. Mihara, E. Kobatake | Fluorescent and Luminescent Fusion Proteins for Detection of Amyloid Beta Peptide Localization and Aggregation | Peptides 2010, 488-489（2010） |
| X.Wang, J.Geng, D.Miyoshi, J.Ren, N.Sugimoto, and X.Qu | A rapid and sensitive "add-mix-measure" assay for multiple proteinases based on one goldnanoparticle-peptide-fluorophore conjugate. | Biosens. Bioelectron., 26, 743-747（2010） |
| 杉本直己, 中野修一 | 第1章 DNAチップの基礎 第1節 ハイブリダイゼーション | バイオチップ実用化ハンドブック, 13-19（2010） |
| 杉本直己, 中野修一 | 18章 化学ツールとしての分子クラウディングの活用 | 化学フロンティア２２ 生命現象を理解する分子ツール (化学同人)（2010） |
| 長濱宏治 | “生きたバイオマテリアル”としての機能性細胞 | バイオマテリアル－生体材料－, 28, 193-194（2010） |
| Xiaohui Wang, Chunyan Wang, Konggang Qu, Yujun Song, Jinsong Ren, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto, and Xiaogang Qu | Ultrasensitive and Selective Detection of a Prognostic Indicator in Early-Stage Cancer Using Graphene Oxide and Carbon Nanotubes | Advanced Functional Materials (Inside Cover), 20, 3967-3971（2010） |
| Kakoli Dutta, Takeshi Fujimoto, Mamiko Inoue, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto | Development of new functional nanostructures consisting of both DNA duplex and quadruplex | Chem. Commun., 46, 7772-7774（2010） |
| Sarika Saxena, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto | Sole and stable RNA duplexes of G-rich sequences located in the 5'-untranslated region of protooncogenes | Biochemistry, 49, 7190-7201（2010） |
| 杉本直己、遠藤玉樹 | タンパク質の合成を制御する環境-分子クラウディングによる時間概念- | 現代化学(化学同人), 472, 26－31（2010） |
| Hidenobu Yaku, Takashi Murashima, Daisuke Miyoshi, Naoki Sugimoto | Anionic Phthalocyanines Targeting G-quadruplexes and Inhibiting Telomerase Activity in the Presence of Excessive DNA Duplexes | Chem. Commun., 46, 5740 - 5742（2010） |
| 佐々木義晴、杉本直己 | 廃棄性サケ白子DNAの有効活用によるDNAプロテクターの創製 | バイオインダストリー（シーエムシー出版）, 27, 71－77（2010） |
| 杉本直己、小林克彰 | DNAの働きを制御する環境－分子クラウディングによる空間概念－ | 現代化学(化学同人）, 471, 26－30（2010） |
| K.-Y. Tomizaki, K. Usui, H. Mihara | Protein-protein interactions and selection: array-based techniques for screening disease-associated biomarkers in predictive/early diagnosis. | FEBS J., 277, 1996-2005（2010） |
| 臼井健二・菊池卓哉・三原久和 | タンパク質・細胞分析用デザインペプチドチップ | シングルセル解析の最前線, 17-24（2010） |
| K. Usui, M. Mie, T. Andou, N. Sugimoto, H. Mihara, E. Kobatake | Construction of Detection System for Amyloid beta Peptide Localization and Aggregation Using Fluorescent and Luminescent Fusion Proteins | Peptide Science, 2009, 111-112（2010） |
| Dong-Hao Zhang, Takeshi Fujimoto, Sarika Saxena, Hai-Qing Yu, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto | Monomorphic RNA G-quadruplex and polymorphic DNA G-quadruplex structures responding to cellular environmental factors | Biochemisry, 49, 4554-4563（2010） |
| 中野修一・杉本直己 | 生体シグナル解析用の機能性核酸センサーの定量的デザイン | シングルセル解析の最前線（シーエムシー出版）, 9-16（2010） |
| A. Rajendran, S. Nakano, and N. Sugimoto | Molecular crowding of the cosolutes induces an intramolecular i-motif structure of triplet repeat DNA oligomers at neutral pH | Chem. Commun., 46, 1299-1301（2010） |
| Yoshiharu Sasaki, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto | Utilization of salmon milt DNA against UV damage | Applied Biochem. Biotech. , 160, 2458-2466（2010） |
| 杉本直己 | 発想力のある理系人材の養成-ナノバイオによる創造立国 | 大学時報（日本私立大学連盟）, 327, 114-119（2009） |
| 杉本直己 | ＤＮＡからＤＮＢへ 生命化学と未来生活 | 甲南大学総合研究所所報, 49, 1-21（2009） |
| 山内隆寛, 杉本直己 | RNAスイッチを用いた微生物のタンパク質合成技術の開発と応用 | 月刊バイオインダストリー2009年1月号, 66-72（2009） |
| S. Nakano, H.Hirayama, and N. Sugimoto | Investigations of the cation binding to nucleotides by monitoring the hairpin-duplexv equilibrium of a self-complementary sequence | Nucleic Acids Symp,Ser., 53, 229-230（2009） |
| 原正晴・杉本直己 | 「核酸アプタマー」のケミカル・ルネサンス-”知る”から”生かす” | 化学（化学同人）, 64, 44-49（2009） |
| J. Kawakami, Y. Tanaka, and K. Kishimoto | Accurate curve fitting procedure for UV melting analysis of highly thermostable RNA hairpins | Nucleic Acids Symp. Ser., 53, 227-228（2009） |
| N. Sugimoto | Designable DNA Functions toward New Nanobiotechnology | Bull. Chem. Soc. Jpn.,, 82, 1-10（2009） |
| 山内隆寛、杉本直己 | RNAスイッチを用いた微生物のタンパク質合成技術の開発と応用 | バイオインダストリー, 26, 66-72（2009） |
| D. Miyoshi, S. Muhuri, K. Mimura, and N. Sugimoto | DNA junction structure stabilized by molecular crowding conditions | Nucleic Acids Symp Ser (Oxf), 53, 59-60（2009） |
| T. Fujimoto, D. Miyoshi, H. Tateishi-Karimata, and N. Sugimoto | Thermal stability and hydration state of DNA G-quadruplex regulated by loop regions. | Nucleic Acids Symp Ser (Oxf), 53, 237-238（2009） |
| S. Nakano and N. Sugimoto | Chapter 8. Energy of Nucleic Acid Self-Assemblies: From Sequence to Function through Structure | Bottom-up Nanofabrication: Supramolecules, Self-Assemblies, and Organized Films (American Scientific Publishers), 3, 191-215 （2009） |
| S. Nakano, H. Oka, Y. Uotani, K. Uenishi, M. Fujii, and N. Sugimoto | Dynamics and energetics of the base flipping conformation studied with base pair-mimic nucleosides | Biochemistry, 48, 11304-11311（2009） |
| S. Nakano, H. T. Karimata, Y. Kitagawa, and N. Sugimoto | Facilitation of RNA enzyme activity in the molecular crowding media of cosolutes | J. Am. Chem. Soc., 131, 16881-16888（2009） |
| H. Kanno, S. Nakano, A. Kubo, T. Mimura, N. Tajima and N. Sugimoto | Neuronal differentiation of neural progenitor cells by intracellular delivery of synthetic oligopeptide derived from von Hippel-Lindau protein | Protein & Peptide Letters, 16, 1291-1296 （2009） |
| Satoshi Fujii, Ken-ichiro Yagi, Daisuke Miyoshi, Hiroshi Sakai, and Naoki Sugimoto | Cu(II) ion inhibits early stages of amyloid β fibril formation in vitro | J. Biol. Inorg. Chem., Suppl.1, S118（2009） |
| J. Matsui, J. Nagano, D. Miyoshi, K. Tamaki, N. Sugimoto | An Approach to Peptide-based ATP Receptors by a Combination of Random Selection, Rational Design, and Molecular Imprinting | Biosens. Bioelectron., 25, 563-567（2009） |
| J. Matsui, T. Sodeyama, Y. Saiki, T. Miyazawa, T. Yamada, K. Tamaki, T. Murashima | Face-to-face Porphyrin Moieties Assembled with Spacing for Pyrazine Recognition in Molecularly Imprinted Polymers | Biosens. Bioelectron., 25, 635-639（2009） |
| 三好大輔、杉本直己 | DNAは細胞内で三重らせん・四重らせん構造を形成しているのか？ | 化学と生物（学会出版センター）, 7, 449-451（2009） |
| Sanjukta Muhuri, Kenta Mimura, Daisuke Miyoshi, and Naoki Sugimoto | Stabilization of Three-Way Junctions of DNA under Molecular Crowding Conditions | J. Am. Chem. Soc., 131, 9268-9280（2009） |
| Jungjoo Yoon, Satoshi Fujii, and Edward I. Solomon | Geometric and electronic structure differences between the type 3 copper sites of the multicopper oxidases and hemocyanin/tyrosinase | Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 106, 6585-6590（2009） |
| 杉本直己、三好大輔 | 機能性核酸のテーラーメード設計 | 超分子サイエンス&テクノロジー（株式会社ティー・エヌ・エス）, 921-929（2009） |
| 三好大輔、杉本直己 | セントラルドグマに学ぶセントラルドグマの制御方法（シーエムシー出版） | 核酸医薬の最前線, 1-13（2009） |
| 三好大輔 | 分子メタモルフォーゼ －環境に応答するDNA－（生命化学研究会） | 生命化学研究レター, 29, 9-14（2009） |
| Daisuke Miyoshi, Kaori Nakamura, Hisae Tateishi-Karimata, Tatsuo Ohmichi, and Naoki Sugimoto | Hydration of Watson-Crick Base Pairs and Dehydration of Hoogsteen Base Pairs Inducing Structural Polymorphism under Molecular Crowding Conditions | J. Am. Chem. Soc., 131, 3522-3531（2009） |
| L. Wu, K. Koumoto, N. Sugimoto | Reversible stability switching of a hairpin DNA via a photo-responsive linker unit | Chem. Commun., 14, 1915 - 1917（2009） |
| 山内隆寛, 杉本直己 | 麹菌をンパク質工場にする化学－いつでも好きなだけタンパク質をつくれるスイッチRNA－ | 化学, 63, 36-40（2008） |
| 杉本直己, 中野修一 | DNAはなぜ二重らせん構造になるか？－分子間相互作用と分子環境効果を考える－ | 現代化学, 450, 25-30（2008） |
| Shimai, K., Hirano, A., Kitaura, Y., Kitano, Y., Itoh, A., Kiuchi, A., Sasaki, N., and Nishikata, T. | Novel ubiquitous promoters and expression-vector optimization in ascidian embryos | Invertebrate Reproduction & Development, 51, 103-110 （2008） |
| Kiuchi, A., Sasaki, N., Seki, R., and Nishikata, T. | Multimodal pathways during UVB-induced apoptosis in HL-60 | Proceedings of the 14th Biennial Congress of the International Society for Free Radical Research, Beijing, China（2008） |
| T. Miyazawa, M. Houhashi, Y. Inoue, T. Murashima, T. Yamada | Resolution of secondary alcohols via Carica papaya lipase-catalyzed enantioselective acylation | Biotechnol. Lett., 30, 1783-1787（2008） |
| H. Yaku, T. Yukimasa, S. Nakano, N. Sugimoto, and H. Oka | Design of allele-specific primers and detection of the human ABO genotyping to avoid the pseudopositive problem | Electrophoresis, 29, 4130-4140（2008） |
| S. Nakano, Y. Kitagawa, H. T. Karimata, and N. Sugimoto | Molecular crowding effect on metal ion binding properties of the hammerhead ribozyme | Nucleic Acids Symp. Ser., 52, 519-520 （2008） |
| 三好大輔、杉本直己 | 外部刺激に応答する機能性核酸 －核酸ならではの機能を活用したナノバイオマテリアルの設計－ |
化学工業 （化学工業社）, 59 (11), 21-27（2008） |
| D. Miyoshi, K. Nakamura, S. Muhuri, H. T. Karimata, N. Sugimoto | Thermodynamics of DNA structures under molecular crowding conditions with neutral and positive charged cosolutes | Nucleic Acids Symp. Ser., 52, 413-414（2008） |
| H.-Q Yu, D. -H. Zhang, X. -B. Gu, D. Miyoshi, N. Sugimoto | Regulation of Telomerase Activity by the Thermodynamic Stability of a DNA•RNA Hybrid | Angew. Chem. Int. Ed. (Inside Cover), 47, 9034-9038（2008） |
| K. Koumoto, H. Ochiai, N. Sugimoto | Enhanced amplification of polymerase chain reaction by addition of cosolutes derived from a cellular compatible solute | Nucleic Acids Symp. Ser., 52, 257-258（2008） |
| K. Koumoto, H. Ochiai, N. Sugimoto | Hydration is an important factor to regulate thermodynamic stability of a DNA duplex under molecular crowding conditions | Chem. Lett., 37, 864-865（2008） |
| T. Murashima, D. Sakiyama, D. Miyoshi, M. Kuriyama, T. Yamada, T. Miyazawa, N. Sugimoto | Cationic porphyrin induced a telomeric DNA to g-quadruplex form in water. | Bioinorg Chem Appl., 294756（2008） |
| T. Tsuruoka, R. Takahashi, K. Akamatsu, and H. Nawafune | Control of the Optical Properties of CdTe Nanocrystals by Selective Exchange of Te with Thiolate: Effect of Organic Ligands on the Formation of Core-Shell Structures | Physical Chemistry Chemical Physics, in press.（2008） |
| K. Akamatsu, S. Adachi, T. Tsuruoka, S. Ikeda, S. Tomita, and H. Nawafune | Nanocomposite Polymeric Microspheres Containing Ni Nanoparticles with Controlled Microstructures | Chem. Mater., in press.（2008） |
| T. Tsuruoka, A. Fujimoto, K. Akamatsu, H. Nawafune | Immobilization and Assembly of Mixed Monolayer-Protected Au Nanoparticles on Glass substrate via Covalent Bond Interconnection | Trans. Mater. Res. Soc. Jpn., in press.（2008） |
| T. Tsuruoka, R. Takahashi, T. Nakamura, M. Fujii, K. Akamatsu, and H. Nawafune | Highly Luminescent Mono- and Multilayers of Immobilized CdTe Nanocrystals: Controlling Optical Properties Through Post Chemical Surface Modification | Chem. Commun., in press.（2008） |
| J. Kawakami, S. Okabe, Y. Tanabe, and N. Sugimoto | Recognition of a flipped base in a hairpinloop DNA by a small peptide | Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids, 27, 292-308（2008） |
| D. Miyoshi and N. Sugimoto | Molecular crowding effects on structure and stability of DNA | Biochimie, 90, 1040-1051（2008） |
| S. Nakano, T. Kirihata, and N. Sugimoto | Capture of cationic ligands bound diffusely to base pairs during the DNA refolding | Chem. Commun., 14, 700-702（2008） |
| S. Nakano, L. Wu, H. Oka, H. T. Karimata, T. Kirihata, Y. Sato, S. Fujii, H. Sakai, M. Kuwahara, H. Sawai, and N. Sugimoto | Conformation and the sodium ion condensation on DNA and RNA structures in the presence of a neutral cosolute as a mimic of the intracellular media | Mol. Biosys., 4, 579-588（2008） |
| T. Yamauchi, D. Miyoshi, T. Kubodera, M. Ban, A. Nishimura, and N. Sugimoto | Riboswitches for enhancing target gene expression in eukaryotes | ChemBioChem, 9, 1040-1043（2008） |
| K.Koumoto, H.Ochiai, N.Sugimoto | Structural effect of synthetic zwitterionic cosolutes on the stability of DNA duplexes | Tetrahedron, 64, 168-174（2008） |
| T. Miyazawa, M. Hamada, R. Morimoto, T. Murashima, T. Yamada | Secondary alcohols act as better nucleophiles than primary alcohols in the lipase-catalyzed regioselective deacylation of dihydroxybenzenes acylated at both phenolic hydroxyls | Tetrahedron Lett., 48, 8334-8337（2007） |
| S. Tomita, P. E. Jonsson, K. Akamatsu, H. Nawafune, H. Takayama | Controlled magnetic properties of Ni nanoparticles embedded in polyimide films | Phys. Rev. B, 76, 174432,1-6（2007） |
| M. Tagawa, K. Maeda, T. Kajita, K. Yokota, K. Akamatsu, H. Nawafune | Atomic Beam-Induced Fluorination of Polyimide and Its Application to Site-Selective Cu Metallization | Langmuir, 23, 11351-11354（2007） |
| 池田慎吾、赤松謙祐、縄舟秀美 | 銅ナノ粒子分散複合体のパターニングと樹脂・金属間接合 | 表面技術, 58, 756-761（2007） |
| 竹内俊文，菱谷隆行，松井淳 | 分子インプリント材料を分子認識素子として用いたセンサー | バイオセンサーの先端科学技術と応用（シーエムシー出版）, 77-91（2007） |
| 松井淳 | 分子インプリント法によるポリマー型分子ロジックゲート | 高分子（高分子学会）, 56, 987（2007） |
| 杉本直己，松井淳 | 核酸超分子と分子認識 | 分子認識と超分子（三共出版）, 8章, 139-156（2007） |
| 三好大輔 | DNA四重らせん構造を細胞内環境因子で制御する | 生体機能関連化学部会 News Letter, 22 (3), 14-17（2007） |
| T. Murashima, K. Hayata, Y. Saiki, J. Matsui, D. Miyoshi, T., Yamada, T. Miyazawa, and N. Sugimoto | Synthesis, structure and thermal stability of fully hydrophobic porphyrin-DNA conjugates | Tetrahedron Lett., 48, 8514-8517 （2007） |
| 杉本直己 | 生命化学－Biochemistry- | 丸善, 200ページ（2007） |
| 杉本直己, 甲元一也 | ５）天然高分子 核酸 エネルギーデータベースに基づく核酸医薬の設計 |
絵で見てわかるナノDDS 遺伝子医学MOOK別冊（メディカルドゥ）, 63-69（2007） |
| K. Nakamura, H. Karimata, T. Ohmichi, D. Miyoshi, and N. Sugimoto | Effects of cosolutes on the thermodynamic stability of parallel DNA duplex and triplex. | Nucleic Acids Symp. Ser. (Oxf), 51, 167-168（2007） |
| H. Karimata, D. Miyoshi, T. Fujimoto, K. Koumoto, Z.-M. Wang, and N. Sugimoto | Conformational switch of a functional nanowire based on the DNA G-quadruplex | Nucleic Acids Symp. Ser. (Oxf), 51, 251-252（2007） |
| S. Nakano, K. Uenishi, M. Fujii, and N. Sugimoto | The base-pairing ability of the base pair-mimic nucleosides | Nucleic Acids Symp. Ser., 51, 71-72（2007） |
| H. Karimata, S. Nakano, and N. Sugimoto | Effects of polyethylene glycol on a DNA duplex stability differed by the NaCl concentration | Bull. Chem. Soc. Jpn., 80, 1987-1994 （2007） |
| 赤松謙祐，鶴岡孝章，縄舟秀美，杉本直己 | Quantum Dot-量子ドット | 実験がうまくいく 蛍光・発光試薬の選び方と使い方(羊土社）, 164-170（2007） |
| 杉本直己,三好大輔 | DNAデザイン －機能性分子開発への道しるべ－ | 化学（化学同人）, 62 No.9, 28-32（2007） |
| 赤松謙祐、池田慎吾、縄舟秀美 | インクジェット法を利用するポリイミド樹脂表面への銅微細配線 | マテリアルステージ, 6, 15-17（2007） |
| 鶴岡孝章、赤松謙祐、縄舟秀美 | 半導体ナノ粒子の合成と発光特性制御 | 「量子ドットの生命科学領域への応用」、シーエムシー出版, 第5章, 49-57（2007） |
| S. Fujii, A. Aichi, K. Akamatsu, H. Nawafune and Y. Nakamura | One-step synthesis of polypyrrole-coated silver nanocomposite particles and their application as a coloured particulate emulsifier | J. Mater. Chem., 17, 3777-3779（2007） |
| 尾山祐斗、有村英俊、赤松謙祐、縄舟秀美 | ポリエチレングリコール誘導体の予備吸着を利用する銅電析プロセスによるULSI微細配線の形成 | 表面技術, 58, 425-429（2007） |
| 三好大輔, 杉本直己 | DNAを用いたバイオ計測 －センシング核酸の開発と新展開－ |
未来材料（エヌ・ティー・エス）, 7 (6), 10-18（2007） |
| D. Miyoshi, H. Karimata, and N. Sugimoto | Hydration regulates thermodynamic stability of DNA structures under molecular crowding conditions | Nucleosides, Nucleotides and Nucleic Acids, 26, 589-595（2007） |
| Y. Sasaki, D. Miyoshi, and N. Sugimoto | Regulation of DNA nucleases by molecular crowding | Nucleic Acids Res., 35, 4086-4093（2007） |
| 松井淳 | 分子インプリント高分子 | バイオセンサ・ケミカルセンサ辞典（テクノシステム、東京）, 63-72（2007） |
| S. Nakano and P. C. Bevilacqua | Mechanistic characterization of the HDV genomic ribozyme: A mutant of the C41 motif provides insight into positioning and thermodynamic linkage of metal ions and protons | Biochemistry, 46, 3001-3012 （2007） |
| X.-B. Gu, S. Nakano, and N. Sugimoto | Consecutive GC base pairs determine the energy barrier of DNA duplex formation under molecularly crowded conditions | Chem. Commun.,, 2750-2752 （2007） |
| D. Miyoshi, H. Karimata, Z.-M. Wang, K. Koumoto, N. Sugimoto | Artificial G-wire Switch with 2,2’-Bipyridine Units Responsive to Divalent Metal Ions | J. Am. Chem. Soc., 129, 5919-5925（2007） |
| 松井淳 | インプリンティング | ナノバイオ大辞典（テクノシステム、東京）, 72-75（2007） |
| S. Nakano, T. Kirihata, S. Fujii, H. Sakai, M. Kuwahara, H. Sawai, and N. Sugimoto | Influence of cationic molecules on the hairpin to duplex equilibria of self-complementary DNA and RNA oligonucleotides | Nucleic Acids Res., 35, 486-494 （2007） |
| J. Matsui, S. Goji, T. Murashima, D. Miyoshi, S. Komai, A. Shigeyasu, T. Kushida, T. Miyazawa, T. Yamada, K. Tamaki, N. Sugimoto | Molecular Imprinting Under Molecular Crowding Conditions: an Aid to the synthesis of a High-capacity Polymeric Sorbent for Triazine Herbicides | Anal. Chem., 79, 1749-1757 （2007） |
| S. Ikeda, H. Yanagimoto, K. Akamatsu, H. Nawafune | Copper/Polyimide Heterojunction: Controlling Interfacial Structures Through an Additive-Based, All-Wet Chemical Process Using Ion-Doped Precursorss | Adv. Funct. Mater., 17, 889-897（2007） |
| J. Kawakami, S. Okabe, Y. Tanabe, N. Sugimoto | Recognition of a flipped nucleobase by small petides | Proc. Of the Second Int. Symp. Biomol. Chem., 63（2006） |
| D. Miyoshi, H. Karimata, M. Inoue, K. Nakamura, N. Sugimoto | Water molecules regulate structure and thermodynamics of DNA | Proc. Of the Second Int. Symp. Biomol. Chem., 70（2006） |
| H. karimata, S. Nakano, N. Sugimoto | Large enhancement of the hammerhead ribozyme activity by molecular crowding | Proc. Of the Second Int. Symp. Biomol. Chem., 68（2006） |
| X. -B. Gu, S.Nakano, N. Sugimoto | The effect of cosolutes on the thermodynamic and kinetic properties of DNA duplex formation | Proc. Of the Second Int. Symp. Biomol. Chem, 67（2006） |
| S. Nakano, Y. Uotani, H. Oka, K. Uenishi, M. Fujii, N. Sugimoto | Nucleotide derivatives forming Watson-Crick base pair and base flipping conformations | Proc. Of the Second Int. Symp. Biomol. Chem., 63（2006） |
| K. Koumoto, Yong-Mei Hao, H. Ochiai, N. Sugimoto | Influence of cosolute structure on the thermal stability od Hoogsteen base pairs in DNA triplex under molecular crowding conditions | Proc. Of the Second Int. Symp. Biomol. Chem., 57（2006） |
| M. Shimada, M. Kimura, Y. Shibata, S. Nakano, D. Miyoshi, K. Akamatsu, H. Nawafune, N. Sugimoto | Controlling thermal stability of DNA duplex immobilized on gold substrate | Proc. Of the Second Int. Symp. Biomol. Chem, 54（2006） |
| J. Matsui, K. Akamatsu, D. Miyoshi, H. Nawafune, K. Tamaki, N. Sugimoto | Hybrid material of biomimetic polymer geland gold nanoparticles for sensing catechol amines | Proc. Of the Second Int. Symp. Biomol. Chem., 53 （2006） |
| Shirae-Kurabayashi, M., Nishikata, T., Takamura, K., Tanaka, K. J., Nakamoto, C., and Nakamura, A. | Dynamic redistribution of vasa homolog and exclusion of somatic cell determinants during germ cell specification in Ciona intestinalis | Development, 133, 2683-2693（2006） |
| Nishikata, T., Kiuchi, A., Kuribayashi, M., and Sasaki, N. | UV-irradiated cells as a screening system for the antioxidants | Proceedings of the 13th Biennial Congress of the International Society for Free Radical Research -SFRR, 253-256（2006） |
| 縄舟秀美、赤松謙祐、池田慎吾 | 金ナノ粒子を用いた微細回路形成 | 「最先端表面処理技術のすべて」、工業調査会, 第5章、第5節, 186-189（2006） |
| 縄舟秀美、赤松謙祐、池田慎吾 | 銅／ポリイミドの密着機構 | 「有機／金属・無機界面のメカニズム」、サイエンス＆テクノロジー , 第11章, 153-160（2006） |
| 赤松謙祐、増田昭仁、尾山祐斗、縄舟秀美 | 金属イオンレドックス系無電解めっき浴の安定性 | 表面技術, 57, 799-801（2006） |
| J. Kawakami, C. Maiya, and N. Sugimoto | Functional role of the cofactor on activation process of L-histidine dependent ribozyme | Nucleic Acids Symp. Ser., 50, 241-242（2006） |
| 杉本直己、三好大輔 | シグナル解析を目指した機能性核酸の構築 | 一細胞定量解析の最前線 －ライフサーベイヤ構築に向けて－（シーエムシー出版）, 23-37（2006） |
| 杉本直己 | 巻頭言 未来材料としてのDNAとRNA | 未来材料（エヌ・ティー・エス）, 第6巻-第10号, 1（2006） |
| J. Matsui, Y. Kamitakahara, J. Nagano, Y. Ono, S. Komai, D. Miyoshi, K. Tamaki, N. Sugimoto | Molecularly Imprinting within a Single Peptide Molecule for Synthesizing a Water-soluble ATP Receptor | Proceedings of the International Conference of 43rd Japanese Peptide Symposium and 4th Peptide Engineering Meeting, 396-397.（2006） |
| M. Inoue, D. Miyoshi, N. Sugimoto | Development of molecular logic gates using the structural switch of telomere DNAs | Nucleic Acids Symp. Ser., 50, 315-316（2006） |
| H.-Q. Yu, D. Miyoshi, N. Sugimoto | Properties of long telomeric DNAs under cell-mimicking conditions | Nucleic Acids Symp. Ser., 50, 207-208（2006） |
| D. Miyoshi, H. Karimata, N. Sugimoto | Factors regulating thermodynamic stability of DNA structures under molecular crowding conditions | Nucleic Acids Symp. Ser., 50, 203-204（2006） |
| X.-B. Gu, S. Nakano, and N. Sugimoto | The effect of the structure of cosolutes on the DNA duplex formation | Nucleic Acids Symp. Ser., 50, 205-206（2006） |
| S. Nakano, Y. Uotani, Y. Sato, H. Oka, K. Uenishi, M. Fujii, and N. Sugimoto | Recognition of the base pair-mimic nucleosides by DNA polymerases | Nucleic Acids Symp. Ser., 50, 201-202（2006） |
| H. Karimata, S. Nakano, and N. Sugimoto | The roles of cosolutes on the hammerhead ribozyme activity | Nucleic Acids Symp. Ser., 50, 81-82（2006） |
| H.-Q. Yu, D. Miyoshi, N. Sugimoto | Characterization of Structure and Stability of Long Telomeric DNA G-Quadruplexes | J. Am. Chem. Soc., 128, 15461-15468（2006） |
| 杉本直己・中野修一 | 細胞の分子クラウディング効果 | 現代化学（東京化学同人）, 428, 53-58（2006） |
| D. Miyoshi, M. Inoue, N. Sugimoto | DNA Logic Gates Based on Structural Polymorphism of Telomere DNA Molecules Responding to Chemical Input Signals | Angew. Chem. Int. Ed. (Inside Cover), 45, 7716-7719（2006） |
| 中野修一・杉本直己 | 分子クラウディング環境は生命分子の物性と機能をいかに変えるか | 生物物理（日本生物物理学会）, 46, 251-256（2006） |
| 赤松謙祐、鶴岡孝章、縄舟秀美 | 半導体ナノ粒子の合成と発光特性制御 | 科学と工業, 80, 315-321（2006） |
| 池田慎吾、赤松謙祐、縄舟秀美 | インクジェット法を利用する樹脂表面への銅微細配線 | 金属ナノ粒子ペーストのインクジェット微細配線（シーエムシー出版）, 第２章、第１節, 150-164（2006） |
| K. Akamatsu, S. Samitsu, T. Tsuruoka, J. Hasegawa, H. Nawafune | Site-Selective Integration of Monolayer-Protected Inorganic Nanoparticles onto Surface Monolayer Templates by Solvent-Induced Lift-Off Process | Small, in press.（2006） |
| T. Tsuruoka, R. Takahashi, K. Akamatsu, H. Nawafun | Fabrication of Fluorescent Multilayers Consisting of CdTe Nanocrystals | Trans. Mater. Res. Soc. Jpn., in press.（2006） |
| J. Kawakami, H. Tokitoh, Y. Tanabe, and N. Sugimoto | A novel stable RNA pentaloop that interacts specifically with a motif peptide of lambda-N protein | Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids, 25, 397-416（2006） |
| J. Matsui, T. Sodeyama, K. Tamaki, N. Sugimoto | Molecularly-Imprinted Polymeric Logic Gates Selective for Predetermined Chemical Input Species | Chem. Comm., 14, 3217-3219（2006） |
| D. Miyoshi, H. Karimata, N. Sugimoto | Hydration regulates thermodynamics of G-quadruplex formation under molecular crowding conditions | J. Am. Chem. Soc., 128, 7957-7963（2006） |
| 杉本直己、三好大輔 | 生命を制御するのは遺伝子か環境か－細胞内環境に左右される遺伝子の構造と機能－ | 高分子, 55 (5), 322-325（2006） |
| 杉本直己、中野修一、大道達雄 | デザイナブル核酸修飾 | ウイルスを用いない遺伝子導入法の材料、技術、方法論の新たな展開、遺伝子医学MOOK5（メディカルドゥ）, 245-251（2006） |
| Y. Sasaki, D. Miyoshi, N. Sugimoto | Effect of molecular crowding on DNA polymerase activity | Biotech. J., 1, 440-446（2006） |
| D. Miyoshi and N. Sugimoto | Use of the polymorphic nature of high-order DNA structures for the design of dynamic and functional nanodevices | Recent Devel. Nucleic Acids Res. (Transworld Research Network), 2, 49-70（2006） |
| J. Matsui, Y. Ochi, K. Tamaki | Photodimerization of Anthryl Moieties in a Poly(methacrylic acid) Derivative as Reversible Cross-linking Step in Molecular Imprinting | Chem. Lett., 80-81（2006） |
| K. Akamatsu, M. Kimura, Y. Shibata, S. Nakano, D. Miyoshi, H. Nawafune, N. Sugimoto | A DNA duplex with Extremely Enhanced Thermal Stability Based on Controlled Immobilization on Gold Nanoparticles | Nano Lett., 6, 491-495（2006） |
| 杉本直己 | DNAをセンシング素材として用いた細胞内pH測定方法の開発 | Readout HORIBA Technical Reports, 30, 10-15（2005） |
| 杉本直己 | ナノバイオ産業化シンポジウム | Japan Nanonet Bulletin, Ｎｏ．04, 1-2（2005） |
| 杉本直己 | 最先端の研究拠点から数多くの研究シーズを社会に還元 | 週刊東洋経済, 5916, 76-77（2005） |
| 杉本直己 | Wonder Wonderful いまDNAからDNBへ | 日経サイエンス, 12, 76-77（2005） |
| S. Nakano, Y. Uotani, K. Uenishi, M. Fujii, and N. Sugimoto | Site-selective RNA cleavage by DNA bearing a base pair-mimic nucleoside | J. Am. Chem. Soc., 127, 4350-4353（2005） |
| S. Nakano, Y. Uotani, K. Uenishi, M. Fujii, and N. Sugimoto | DNA base flipping by a base pair-mimic nucleoside | Nucleic Acids Res., 33, 7111-7119（2005） |
| J. Kawakami, K. Tsujita, and N. Sugimoto | Thermodynamic analysis of duplex formation of the heterochiral DNA with L-deoxyadenosine | Anal. Sci., 21, 77-82（2005） |
| T. Murashima, S. Tsujimoto, T. Yamada, T. Miyazawa, H. Uno, N. Ono, and N. Sugimoto | Synthesis of water-soluble porphyrine and the corresponding hughly planar benzoporphyrin without meso-substituents | Tetrahedron Lett., 46, 113-116（2005） |
| S. Nakano and N. Sugimoto | Central dogma for a molecular design based on DNA: DNB (Databasing/Designable Nanobio) ENB (Engineering Nanobio) → FNB (Functional Nanobio) | Chem. Lett., 34, 1206-1211（2005） |
| S.Nagatoishi, T.Nojima, and S.Takenaka | Complexation of thrombin-binding aptamer oligonucleotide carrying fluorescence resonance energy transfer (FRET) dyes at both termini with potassium ion | Nucleic Acids Symp. Ser., 49, 233-234（2005） |
| T. Yamauchi, D. Miyoshi, T. Kubodera, A. Nishimura, S. Nakai, N. Sugimoto | Roles of Mg2+ in TPP-dependent riboswitch. | FEBS Lett., 579, 2583-2588（2005） |
| T. Murashima, S. Tsukiyama, S. Fujii, K. Hayata, H. Sakai, T. Miyazawa, T. Yamada | Amino acid ester salt recognition by ferrocene-based ditopic receptor bearing oligoethylene glycole with pendant bipy subunits: CV, UV-vis and ESR studies | Org. Biomol. Chem., 3, 4060-4064（2005） |
| D. Miyoshi, H. Karimata, N. Sugimoto | Drastic effect of a single base difference between human and tetrahymena telomere sequences on their structures under molecular crowding conditions | Angew. Chem. Int. Ed. , 44, 3740-3744（2005） |
| J. Kawakami, K. Tsujita, and N. Sugimoto | Thermodynamic analysis of duplex formation of the heterochiral DNA with L-deoxyadenosine | Anal. Sci., 21, 77-82（2005） |
| 松井淳 | センサー高分子の構築に見るナノバイオ | 生体機能関連化学部会 News Letter, 20, 6-11.（2005） |
| S. Nakano, Y. Uotani, K. Uenishi, M. Fujii, and N. Sugimoto | Site- selective RNA cleavage by DNA bearing a base pair-mimic nucleoside | J. Am. Chem. Soc., 127, 518-519（2005） |
| S. Nakano, Y. Uotani, K. Uenishi, M. Fujii, and N. Sugimoto | Site-selective RNA cleavage by DNA bearing a base pair-mimic nucleoside | J. Am. Chem. Soc., 127, 518-519（2005） |
| 縄舟秀美、赤松謙祐、池田慎吾 | ナノテクノロジーの表面技術への展開 | 表面技術, 56, 730-737（2005） |
| S. Nakano, Y. Uotani, K. Uenishi, M. Fujii, and N. Sugimoto | DNA base flipping by a base pair-mimic nucleoside | Nucleic Acids Research, 33, 7111-7119（2005） |
| 赤松謙祐、池田慎吾、縄舟秀美 | 光触媒反応を利用したダイレクトパターニング | 表面技術, 56, 665-669（2005） |
| T. Ohmichi, A. Takashima, and N. Sugimoto | A nano-circular single-stranded DNA as a novel tool for SNPs detection | Nucleosides, Nucleotides, and Nucleic Acids,, 24, 359-366（2005） |
| K. Akamatsu, S. Ikeda, H. Nawafune | Metallized polymeric microspheres: Synthetic route from ion-doped precursor molecules | Recent Advances in Macromolecules 4 (Grobal Research Network), 1月10日（2005） |
| 赤松謙祐、池田慎吾、縄舟秀美 | 化学的表面処理によるポリイミド樹脂のダイレクト・メタラリゼーション | 日本接着学会誌, 41, 325-330（2005） |
| D. Miyoshi, Z.-M. Wang, H. Karimata, N. Sugimoto | DNA nanowire sensitive to the surrounding condition | Nucleic Acids Symp. Ser., 49, 43-44（2005） |
| M. Hanyu, D. Ninomiya, R. Yanagihara, T. Murashima, T. Miyazawa, T. Yamada | Studies on Intramolecular Hydrogen Bonding between the Pyridine Nitrogen and the Amide Hydrogen of the Peptide: Synthesis and Conformational Analysis of Tripeptides Containing Novel Amino Acids with a Pyridine Ring. | J. Pept. Sci., , 11, 491-498（2005） |
| T. Kirihata, S. Nakano, S. Fujii, M. Matsumoto, M. Kuwahara, H. Sawai, and N. Sugimoto | Conformational switch of oligonucleotides induced by spermine | Nucleic Acids Symp. Ser., 49, 241-242（2005） |
| P. C. Bevilacqua, T. S. Brown, D. Chadalavada, J. Lecomte, E. Moody, and S. Nakano | Linkage between proton binding and folding in RNA: implications for RNA catalysis | Biochem. Soc. Trans., 33, 466-470（2005） |
| S. Nakano and N. Sugimoto | Central Dogma for a Molecular Design Based on DNA: DNB (Databasing/Designable Nanobio) -> ENB (Engineering Nanobio) -> FNB (Functional Nanobio) | Chemistry Letters (Highlight Review), 34, 1206-1211（2005） |
| H. Shinkai, S. Ikeda, K. Akamatsu, H. Nawafune, S. Tomita | Synthesis and Structural Control of Metal-Containing Polyimide Nanocomposite | Trans. Mater. Res. Soc. Jpn., in press（2005） |
| T. Tsuruoka, K. Akamatsu, H. Nawafune | Surface Functionalization of Mixed Monolayer-Protected Semiconductor Nanocrystals | Trans. Mater. Res. Soc. Jpn., in press（2005） |
| K. Akamatsu, A. Kimura, H. Matsubara, S. Ikada, H. Nawafune | Site-Selective Direct Photochemical Deposition of Copper on Glass Substrates Using TiO2 Nanocrystals | Langmuir, 21, 8099-8102（2005） |
| T. Ohmichi, M. Kuwahara, N. Sasaki, M. Hasegawa, T. Nishikata, H. Sawai and N. Sugimoto | Nucleic acid with guanidinum modification exhibits efficient cellular uptake | Angew. Chem. Int. Ed. Engl.,, 44, 6682-6685（2005） |
| K. Akamatsu, H. Terahata, J. Hasegawa, H. Nawafune | Site-Selective Deposition of Gold on Glass Substrates Using Monolayer-Protected Gold Nanoparticles | J. Surf. Finish. Soc. Jpn., 56, 427-428（2005） |
| T. Ohmichi, Y. Kawamoto, P. Wu, D. Miyoshi, H. Karimata, and N. Sugimoto | DNA-Based Biosensor for Monitoring pH in Vitro and in Living Cells | Biochemistry, 44, 7125-7130（2005） |
| S. Tomita, K. Akamatsu, H. Shinkai, S. Ikeda, H. Nawafune, C. Mitsumata, T. Kashiwagi, and M, Hagiwara | Tuning magnetic interactions in ferromagnetic-metal nanoparticle systems | Phys. Rev. B, 71, 180414(R)1-4（2005） |
| H. Yanagimoto, S. Deki, K. Akamatsu, and K. Gotoh | Selective Electroless Copper Deposition on Aluminum Nitride Substrate with Patterned Copper Seed Layer | Thin Solid Films, 491, 18-22（2005） |
| J. Matsui, K. Akamatsu, N. Hara, D. Miyoshi, H. Nawafune, K. Tamaki, N. Sugimoto | An SPR Sensor Chip for Sensitive Detection of Small Molecules Using Molecularly Imprinted Polymer with Embedded Gold Nanoparticle |
Anal. Chem., 77, 4282-4285（2005） |
| S. Tomita, K. Akamatsu, H. Shinkai, S. Ikeda, H. Nawafune, C. Mitsumata, T. Kashiwagi, M. Hagiwara | A novel fabrication technique for interacting ferromagnetic-metal nanoparticle systems:fine-tuning of particle dimeter and interparticle spacing | Mater. Res. Soc. Proceedings, 853E, I5.10.1-I5.10.6（2005） |
| H. Katayama, M. Nagao, T. Nishimura, Y. Matsui, K. Umeda, K. Akamatsu, T. Tsuruoka, H. Nawafune, F. Ozawa | Stereocontrolled Synthesis and Optical Properties of All-cis Poly(phenylene vinylene)s (PPVs): A Method for Direct Patterning of PPVs | J. Am. Chem. Soc., 127, 4350-4353（2005） |
| K. Akamatsu, T. Tsuruoka, H. Nawafune | Band Gap Engineering of CdTe Nanocrystals through Chemical Surface Modification | J. Am. Chem. Soc., 127, 1634-1635（2005） |
| D. Miyoshi and N. Sugimoto | Thermodynamic and Kinetic Analysis of Nucleic Acid Structures toward Pharmacogenomics. | Current Pharmacogenomics, 3, 217-236（2005） |
| 杉本直己, 佐藤雄一 | DNA構造の新たな様相-HoogsteenはWatson-Crickを超えるか- | 化学 , 59, 68-69（2004） |
| 杉本直己 | 細胞ナノエンジニアリング | 化学フロンティア13，ナノバイオエンジニアリング , 16, 95-107（2004） |
| 杉本直己 | ＤＮＡ構造の新たな様相 | 化学, 59, 68-69（2004） |
| T. Kirihata, S. Nakano, and N. Sugimoto | Secondary structure change of oligonucleotide induced by salts | Nucleic Acids Res. Symp. Ser., 48, 109-110（2004） |
| T. Yamada, T. Ichino, M. Hanyu, D. Ninomiya, R. Yanagihara, T. Miyazawa, T. Murashima | A Novel Intramolecular Hydrogen Bonding between a Side-chain Pyridine Ring and an Amide Hydrogen of the Peptide Backbone in Tripeptides Containing the New Amino Acid, α,α-Di(2-pyridyl)glycine. | Org. Biomol. Chem.,, 2, 2335-2339（2004） |
| T. Takeuchi, S. Ugata, S. Masuda, J. Matsui, T. Yane, M. Takase | Atrazine Tranformation Using Synthetic Enzymes Prepared by Molecular Imprinting | Org. Biomol. Chem., 2, 2563-2566（2004） |
| 赤松謙祐 | 高分子樹脂とナノ粒子のコンポジット材料 | 金属ナノ粒子の合成・調製、コントロール技術と応用展開（技術情報協会）, 第8章、第5節, 216-221（2004） |
| 赤松謙祐 | ナノ粒子の固定化・集積化による配線形成 | 「次世代めっき技術 ー表面技術におけるプロセス・イノベーションー」 日刊工業新聞社, 第7章、第4節, 245-254（2004） |
| 赤松謙祐 | インクジェット法を利用する樹脂表面への回路形成プロセス | 「次世代めっき技術 ー表面技術におけるプロセス・イノベーションー」日刊工業新聞社, 第6章、第3節, 196-205（2004） |
| H. Nawafune, Y.Kobata, K.Akamatsu, S.Mizumoto, Y.Murakami | Electroless Copper Plating Using Sn(II) Complex as a Reducing Agent for ULSI Metallization | Mem. Konan Univ., Sci. Eng.Ser.,, 51, 29-38（2004） |
| S. Nakano, Y. Uotani, Y. Anno. M. Fujii, and N. Sugimoto | Conformational change of a nucleotide by a base-pair mimic nucleoside in the complementary DNA strand | Nucleic Acids Res. Supple., 48, 259-260（2004） |
| J. Kawakami, C. Maiya, and N. Sugimoto | Analysis of the secondary structure of a ribozyme that requires His as a cofactor | Nucleic Acids Symp. Ser., 48, 203-204（2004） |
| H. Karimata, S. Nakano, T. Ohmichi, J. Kawakami, and N. Sugimoto | Stabilization of a DNA duplex under molecular crowding conditions of PEG | Nucleic Acids Symp. Ser., 48, 107-108（2004） |
| J. Kawakami, Z.-M. Wang, H. Fujiki, S. Izumi, and N. Sugimoto | Introduction of peptide function into DNA by nucleic acid peptides, NAPs | Chem. Lett., 33, 1554-1555（2004） |
| S. Nakano, H. Karimata, T. Ohmichi, J. Kawakami, and N. Sugimoto | The effect of molecular crowding with nucleotide length and cosolute structure on DNA duplex stability | J. Am. Chem. Soc., 126, 14330-14331（2004） |
| J. Matsui, N. Minamimura, K. Nishimoto, K. Tamaki, and N. Sugimoto | Synthetic cinchonidine receptors obtained by cross-linking linear poly(methacrylic acid) derivertives as an alternative molecular imprinting technique | J. Chromatogr. B, 804, 223-229（2004） |
| C. Nakamura, S. Takeda, M. Kageshima, M. Ito, N. Sugimoto, K. Sekizawa, J. Miyake | Mechanical force analysis of peptide interactions using atomic force microscopy | Biopolymers (Peptide Science), 76, 48-54（2004） |
| J. Matsui, K. Akamatsu, S. Nishiguchi, D. Miyoshi, H. Nawafune, K. Tamaki, and N. Sugimoto | Composite of Au Nanoparticles and molecularly imprinted polymer as a sensing material | Anal. Chem., 76, 1310-1315（2004） |
| 杉本直己 | 核酸の高次構造安定性予測とそのバイオセンシングへの応用 | 日本農芸化学会誌, 78(2), 113-115（2004） |
| S. Nakano, T. Kanzaki, and N. Sugimoto | Influences of ribonucleotide on a duplex conformation and its thermal stability: Study with the chimeric RNA-DNA strands. | J. Am. Chem. Soc., 126, 1088-1095（2004） |
| D. Miyoshi, S. Matsumura, S. Nakano, and N. Sugimoto | Duplex dissociation of telomere DNAs induced by molecular crowding | J. Am. Chem. Soc., 126, 165-169（2004） |
| 縄舟秀美 | 環境調和型めっき技術ー表面技術におけるマテリアルイノベーションー | 第１～３章、日刊工業新聞社（2004） |
| 縄舟秀美 | Lead-free Soldering in Electronics | Chapter 4, Marcel Dekker, Inc.（2004） |
| 縄舟秀美 | 応用化学シリーズ７．電気化学の基礎と応用 | 第４章、朝倉書店（2004） |
| 縄舟秀美, 赤松謙祐, 池田慎吾 | 銅ナノ粒子分散ポリイミド樹脂と銅微細配線のナノスケール接合 | マテリアルステージ, 3(11), pp.58-62（2004） |
| Shoguchi, E., Ikuta, T., Yoshizaki, F., Satou, Y., Satoh, N., Asano, K., Saiga, H., and T. Nishikata | Fluorescent in situ hybridization to ascidian chromosomes. | Zool. Sci., 21, 153-157（2004） |
| Y. Gotoh, K. Fujimura, Y. Ohkoshi, M. Nagura, K. Akamatsu and S. Deki | Preparation of transparent alumina film and fiber from a composite of aluminum polynuclear complex / methyl cellulose | Mater. Chem. Phys., 83, pp.54-59（2004） |
| H. Katayama, M. Nakayama, T. Nakano, C. Wada, K. Akamatsu and F. Ozawa | Polyaddition of 2,7-diethyl-9,9-dioctylfluorene using regio- and stereoselectine alkyne dimerization catalysts | Macromolecules, 37(1), pp.13-17（2004） |
| S. Deki, K. Kuratani, M. Uemura, K. Akamatsu, M. Mizuhata, and A. Kajinami | Aqueous solution-based synthesis of rare earth-doped metal oxide thin films | Thin Solid Films, 460, pp.83-86（2004） |
| 縄舟秀美, 赤松謙祐, 池田慎吾 | 銅ナノ粒子分散ポリイミド樹脂と銅微細配線のナノスケール接合 | マテリアルステージ, 3(11), pp.58-62（2004） |
| 杉本直己, 村嶋貴之 | フォトバイオエンジニアリング | 化学フロンティア13，ナノバイオエンジニアリング 生命と物質の融合をめざして（化学同人）, 95-107（2004） |
| N. Sugimoto,D. Miyoshi | 生命分子を用いたサブナノデバイスの創製 | 未来材料（エヌ・ティー・エス）, 4, No. 7, 26-33（2004） |
| P. C. Bevilacqua, T. S. Brown, S. Nakano, and R. Yajima | Catalytic roles for proton transfer and protonation in ribozymes: Current understanding and future possibilities. | Biopolymers (Wiley), 73, 90-109（2004） |
| Kimio J. Tanaka, Ken Matsumoto, Masafumi Tsujimoto, and T. Nishikata | CiYB1 is a major component of storage mRNPs in ascidian oocytes: implications in translational regulation of localized mRNAs | Developmental Biology, 272, 217-230 （2004） |
| 杉本直己, 安田恭子 | バイオテクノロジー最前線-プロテインチップによる-タンパク質解析 | 未来材料（エヌ・ティー・エス）, 3, No3, 40-45（2003） |
| T. Miyazawa, M. Hiramatsu, T. Murashima, T. Yamada | Utilization of Proteases from Aspergillus Species for Peptide Synthesis via the Kinetically Controlled Approach. | Biocatal. Biotrans.,, 21, 93-100（2003） |
| W. Li, D. Miyoshi, S. Nakano, and N. Sugimoto | Structural competition involving G-quadruplex DNA and its complement | Biochemistry, 42, 11736-11744（2003） |
| S. Nakano and N. Sugimoto | An oligopeptide containing the C-terminal sequence of RNase A has a potent RNase A binding property | J. Am. Chem. Soc., 125, 8728-8729（2003） |
| S. Nakano, Y. Uotani, S. Nakashima, Y. Anno, M. Fujii, and N. Sugimoto | Large stabilization of a DNA duplex by the deoxyadenosine derivatives tethering an aromatic hydrocarbon group | J. Am. Chem. Soc., 125, 8086-8087（2003） |
| D. Miyoshi, S. Matsumura, W. Li, and N. Sugimoto | Structural polymorphism of telomeric DNA regulated by pH and divalent cation | Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids, , 22, 203-221（2003） |
| D. Miyoshi, A. Nakao, and N. Sugimoto | Effect of putrescine and PEG on a structural transition of DNA G-quadruplex | Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids, , 22, 1591-1594（2003） |
| Y. Okumoto, Y. Tanabe, and N. Sugimoto | Factors that contribute to efficient catalytic activity of a small Ca2+-dependent deoxyribozyme in relation to its RNA cleavage function | Biochemistry, 42, 2158-2165（2003） |
| S. Nakano, Y. Uotani, and N. Sugimoto | An oligopeptide containing the C-terminal sequence of RNase A inhibits an RNA hydrolysis by RNase A | Biomolecular chemistry, Proc. ISBC 2003, 240-241（2003） |
| T. Ohmichi, A. Takashima, and N. Sugimoto | A nano-circular single-stranded DNA works as a novel tool for cell-free peptide synthesis and detection of SNPs | Biomolecular chemistry, Proc. ISBC 2003, 34-35（2003） |
| T. Ohmichi, A. Takashima, and N. Sugimoto | A novel approach of cell-free peptide synthesis and SNPs detection using nano-circular single-stranded DNA | Nucleic Acids Res. Suppl., 3, 311-312（2003） |
| N. Sugimoto | Beyond the Watson-Crick double helix: design of functional nucleic acids in silico, in tube, and in cell | Nucleic Acids Res. Suppl., 3, 211-212（2003） |
| Y. Okumoto, H. Fujiki, J. Kawakami, S. Nakashima, S. Nakano, T. Ohmichi, D. Miyoshi, and N. Sugimoto | Novel biomaterials derived from deoxyribozyme and NAPzyme | Macromol. Chem. Phys. Macromol. Symp., 201, 245-252（2003） |
| 杉本直己 | 脱ワトソン・クリック二重らせん ?核酸のキミョウでキョウミ深い姿・形? | 化学と工業（日本化学会）, 56, 1325-1328（2003） |
| 杉本直己, 中野修一 | 遺伝子の正体：DNAとRNA | 化学と教育（日本化学会）, Vol. 51, No. 7, pp. 398-401（2003） |
| 杉本直己, 安松勲 | 仮想材料を用いた創薬および機能分子の探索 | 未来材料（エヌ・ティー・エス）, 3, No. 10, 20-26（2003） |
| 杉本直己, 三好大輔 | バイオインフォマティクスを活用した未来型生体内・外センシングシステム | 科学と工業（大阪工研協会）, 77, 413-419（2003） |
| 杉本直己 | 生命分子間認識を解明するには、ラショナル法でいくべきかランダム法でいくべきか？ それが問題だ | 先端化学シリーズⅢ 糖鎖／バイオマテリアル／分子認識／バイオインフォマティクス（丸善）, Ⅱ章, 11, 121-129（2003） |
| 杉本直己, 安田恭子 | バイオテクノロジー最前線 -プロテインチップによるタンパク質解析- | 未来材料（エヌ・ティー・エス）, 3, No. 3, 40-45（2003） |
| S. Nakano, A. L. Cerrone, and P. C. Bevilacqua | Mechanistic characterization of the HDV genomic ribozyme: Classifying the catalytic and structural metal ion sites within a multichannel reaction mechanism. | Biochemistry, 42, 2982-2994（2003） |
| S. Nakano and N. Sugimoto | Important effects of non-Watson-Crick interactions and cation binding on nucleic acid structures. | Recent research development in nucleosides & nucleotides (Transworld Research Network), Vol. 1, pp. 59-80（2003） |
| 中野修一, 杉本直己 | タンパク質に人工分子を結合させる新手法 | Bio Medical Quick Review Net（メディカルドゥ）, 記事番号005, 1-5（2003） |
| Y. Uotani, S. Nakano, S. Nakashima, Y. Anno. M. Fujii, and N. Sugimoto | Large stacking stability of a base pair-mimic nucleotide on the DNA duplex. | Nucleic Acids Res. Supple., 3, 79-80（2003） |
| S. Nakano, Y. Uotani, and N. Sugimoto | An oligopeptide containing the C-terminal sequence of RNase A inhibits an RNA hydrolysis by RNase A. | First International Symposium on Biomolecular Chemistry, 240-241（2003） |
| D. Miyoshi, A. Nakao, and N. Sugimoto | Structural transition from antiparallel to parallel G-quadruplex of d(G4T4G4) induced by Ca2+ | Nucleic Acids Res., 31, 1156-1163（2003） |
| N. Sugimoto | Polysaccharide-polynucleotide complexes Part 17. Solvent effects on conformational-transition of polydeoxyadenylic acid in the complex with schizophyllan. | Polym. J., 35, 714-720（2003） |
| 縄舟, 中谷, 赤松, 内田, 小幡 | 低温鉛フリーはんだ接合を目的としたスズ－亜鉛共晶合金の電析および亜鉛の共析機構 | エレクトロニクス実装学会誌, 第６巻, 222-227（2003） |
| T.Takeuchi, Y.Kohashi, D.Kim, H. Nawafune, M.Tanikubo, S.Mizumoto | Electroless Gold Plating Using L-Cysteine as Reducing Agent and its Deposition Mechanism | Plating and Surface Finishing, 90[3], 56-60（2003） |
| K. Akamatsu, S.Ikeda, H. Nawafune, S.Deki | Surface Modification-Based Synthesis and Microstructural Tuning of Nanocomposite Layers: Monodispersed Copper Nanoparticles in Polyimide Resins | Chemistry of Materials, 15, 2488-2491（2003） |
| K. Akamatsu, K.Nakahashi, S.Ikeda, H. Nawafune | Fabrication and Structural Characterization of Nanocomposites Consisting of Ni Nanoparticles Dispersed in Polyimide Films | The European Physical J., D24 377-380（2003） |
| K. Akamatsu, S.Ikeda, H. Nawafune | Site-Selective Direct Silver Metalization on Surface-Modified Polyimide Layers | Langmuir, 19(24), pp.10366-10371（2003） |
| K. Akamatsu, J.Hasegawa, H. Nawafune, H.Katayama, F.Ozawa | Covalent Bond-Mediated Network Fabrication of Carboxylic Anhydride-Protected Gold Nanoparticles | Trans. Materials Research Soc. of Japan, 28, 927-930（2003） |
| S. Ikeda, K. Akamatsu and H. Nawafune | Synthesis of metallized polyimide films by surface chemical modification | Trans. MRS-J, 28(4), pp.1267-1270（2003） |
| H. Nawafune, Y.Kobata, K. Akamatsu, S.Mizumoto, Y.Murakami | Electroless Copper Plating Using Sn(II) Complex as a Reducing Agent for ULSI Metallization | J. Surface Finishing Soc. of Japan, 54（2003） |
| 縄舟, 樋口, 赤松, 内田 | ULSI銅微細配線の形成を目的とした中性無電解銅めっきにおけるビアフィリング特性の改善 | 表面技術, 54（2003） |
| 縄舟秀美 | 次世代のエレクトロニクス・電子材料に向けた新しいポリイミドの開発と高機能付与技術 | 第2章・第1節、技術情報協会（2003） |
| S. Fujii, T. Ogura, S. Kitamura and H. Sakai | Pentacoordinated iron complexes with carboxamido nitrogens and thiolate sulfurs: As models for Fe-containing nitrile hydratase | J. Inorg. Biochem., 96, 134（2003） |
| 縄舟秀美, 中谷敏雄, 赤松謙祐, 内田衛, 小幡恵吾 | 低温鉛フリーはんだ接合を目的としたスズー亜鉛共晶合金の電析および亜鉛の共析機構 | エレクトロニクス実装学会誌, 6(3), 222-227（2003） |
| K. Akamatsu, K. Nakahashi, S. Ikeda and H. Nawafune | Fabrication and structural characterization of nanocomposites consisting of Ni nanoparticles dispersed in polyimide films | Eur. Phys. J. D, 24(1-3), 377-380（2003） |
| H. Yanagimoto, K. Akamatsu, S. Deki and K. Gotoh | Fabrication of copper film on aluminum nitride by novel electroless plating | J. Electrochem. Soc., 150(4), 260-265（2003） |
| K. Akamatsu, S. Ikeda, H. Nawafune and S. Deki | Surface Modification-Based Synthesis and Microstructural Tuning of Nanocomposite Layers: Monodispersed Copper Nanoparticles in Polyimide Resins | Chem. Mater., 15(13), 1488-2491（2003） |
| K. Akamatsu, J. Hasegawa, H. Nawafune, H. Katayama and F. Ozawa | Covalent bond-mediated network fabrication of carboxylic anhydride-protected gold nanoparticles | Trans. MRS-J, 28(3), 927-930（2003） |
| 縄舟秀美, 樋口晋吾, 赤松謙祐, 内田衛 | ULSI銅微細配線の形成を目的とした中性無電解銅めっきにおけるビアフィリング特性の改善 | 表面技術, 54(10), 683-688（2003） |
| H. Katayama, Y. Fukuse, Y. Nobuto, K. Akamatsu and F. Ozawa | Ring-Opening Methathesis Polymerization Using Alkenyl Sulfides as Chain-Transfer Agents: Efficient Routes to Unsymmetrical Poly(norbornen)-Based Macroinitiators Bearing a Terminal Hydroxy Group | Macromolecules, 36(19), 7020-7026（2003） |
| H. Nabika, M. Mizuhata, K. Kajinami, S. Deki and K. Akamatsu | Preparation and characterization of Au/Co nano-alloys | J. Electroanal. Chem., 559(15), pp.99-102（2003） |
| K. Akamatsu, S. Ikeda and H. Nawafune | Site-Selective Direct Silver Metallization on Surface-Modified Polyimide Layers | Langmuir, 19(24), pp.10366-10371（2003） |
| Y. Gotoh, T. Kanno, Y. Fujimori, Y. Ohkoshi, M. Nagura, K. Akamatsu and S. Deki | Introduction of Ag and Ag2S Nanoparticles into Nylon 6 Film and Fiber | Polymer Journal, 35(12), pp.960-964（2003） |
| S. Deki, H. Yanagimoto, S. Hiraoka, K. Akamatsu and K. Gotoh | NH2-terminated poly(ethylene oxide) containing nano-sized NiO particles: synthesis, characterization and structural considerations | Chem. Mater., 15, pp.4916-4922（2003） |
| S. Ikeda, K. Akamatsu and H. Nawafune | Synthesis of metallized polyimide films by surface chemical modification | Trans. MRS-J, 28(4), pp.1267-1270（2003） |
| 縄舟秀美, 赤松謙祐, 池田伸吾 | 次世代のエレクトロニクス・電子材料に向けた新しいポリイミドの開発と高機能付与技術 | 技術情報協会, 第2章, 第１節[5], 194-199（2003） |
| 村嶋貴之 | アルキル化，共役付加，縮合反応による合成、トロポン，トロポロンの合成、その他の合成法 | 第５版実験化学講座15 有機化合物の合成III アルデヒド・ケトン・キノン（丸善株式会社）, 295-353（2003） |
| N. Ono, T. Yamamoto, N. Shimada, K. Kuroki, M. Wada, R. Utsunomiya, T. Yano, H. Uno, T. Murashima | A new synthesis of functional dyes from 2-acenaphtho[1,2-c]pyrrole. | Heterocycles, 61, 433-447（2003） |
| D. Miyoshi, A. Nakao, and N. Sugimoto | Molecular crowding regulates the structural switch of the DNA G-quadruplex | Biochemistry, 41, 15017-15024（2002） |
| C. Nakamura, S. H. Song, S. M. Chang, N. Sugimoto, and J. Miyake | Quartz crystal microbalance sensor targeting low molecular weight compounds using oligopeptide binder and peptide-immobilized latex beads | Anal. Chim. Acta., 469, 183-188（2002） |
| T. Ohmichi, S. Nakano, D. Miyoshi, and N. Sugimoto | Long RNA dangling end has large energetic contribution to duplex stability | J. Am. Chem. Soc., 124, 10367-10372（2002） |
| W. Li, P. Wu, T. Ohmichi, and N. Sugimoto | Characterization and thermodynamic properties of quadruplex/duplex competition. | FEBS Lett., 526, 77-81（2002） |
| 大道達雄, 杉本直己 | シリーズ「生命を化学する」第4回 RNAi（RNA干渉）の化学 | 化学（化学同人）, 57, No. 6, 43-47（2002） |
| 赤松謙祐, 杉本直己 | シリーズ「生命を化学する」第5回 金ナノ粒子とバイオセンシング | 化学（化学同人）, 57, No. 7, 28-31（2002） |
| 中野修一, 杉本直己 | シリーズ「生命を化学する」第6回 タンパク質のドメインス・ワッピングとその制御 | 化学（化学同人）, 57, No. 8, 42-47（2002） |
| 富澤一仁, 松下正之, 杉本直己, 松井秀樹 | シリーズ「生命を化学する」第7回 遺伝子治療からタンパク質セラピーへ | 化学（化学同人）, 57, No. 9, 50-55（2002） |
| 安松勲, 杉本直己 | シリーズ「生命を化学する」第8回 パソコンでタンパク質を化学する | 化学（化学同人）, 57, No. 10, 42-47（2002） |
| 中野修一, 杉本直己 | シリーズ「生命を化学する」第9回 生命現象を化学に活用する | 化学（化学同人）, 57, No. 11, 42-47（2002） |
| 杉本直己, 三好大輔 | シリーズ「生命を化学する」第10回 モレキュラークラウディングとin cell Chemistry | 化学（化学同人）, 57, No. 12, 50-56（2002） |
| P. Wu, Y. Kawamoto, H. Hara, and N. Sugimoto | Effect of divalent cations and cytosine protonation on thermodynamic properties of intermolecular DNA double and triple helices | J. Inorg. Biochem., 91, 277-285（2002） |
| P. Wu, S. Nakano, and N. Sugimoto | Temperature dependence of thermodynamic properties for DNA/DNA and RNA/DNA duplex formation | Eur. J. Biochem., 269, 2821-2830（2002） |
| 杉本直己, 三好大輔 | 超タンパク質材料 -タンパク質活用最前線- | 未来材料（エヌ・ティー・エス）, 2, No. 5, 29-35（2002） |
| 杉本直己, 奥本泰秀 | 超DNA材料 -DNA活用最前線- | 未来材料（エヌ・ティー・エス）, 2, No. 4, 22-29（2002） |
| Y. Okumoto, T. Ohmichi, and N. Sugimoto | Immobilized small deoxyribozyme to distinguish RNA secondary structures | Biochemistry, 41, 2769-2773（2002） |
| T. Ohmichi, H. Karimata, and N. Sugimoto | Effect of secondary structure of short double-stranded RNA on RNAi efficiency | Nucleic Acids Res. Supple., 2, 63-64（2002） |
| 杉本直己, 中野修一 | ２章 核酸の相互作用 | 化学フロンティア5 生命化学のニューセントラルドグマ テーラーメイド・バイオケミストリーのめざすもの（化学同人）, pp. 24-34（2002） |
| 杉本直己, 大道達雄 | 5章 機能性核酸 | 化学フロンティア5 生命化学のニューセントラルドグマ テーラーメイド・バイオケミストリーのめざすもの（化学同人）, 54-62（2002） |
| 杉本直己, 三好大輔 | 10章 タンパク質の構造・機能化学 | 化学フロンティア5 生命化学のニューセントラルドグマ テーラーメイド・バイオケミストリーのめざすもの（化学同人）, 104-117（2002） |
| 平塚, 倉科, 縄舟 | ヒドラジン化合物を還元剤とする無電解金めっきの析出挙動 | エレクトロニクス実装学会誌, 第5巻, 72-74（2002） |
| 縄舟, 芝, 赤松, 水本, 内田, 小橋 | 鉛フリーはんだ接合を目的としたメタンスルホン酸浴からのSn-0.7Cu-0.3Ag三元合金の電析 | エレクトロニクス実装学会誌, 第5巻, 146-151（2002） |
| H. Nawafune, T.Nishioka, S.Mizumoto, M.Seita,M.Imanari, T.Kanai | Direct Patterning of Silver Circuit Using Surface-Modification and UV Irradiation on Polymide Resin | Transaction of Institute of Metal Finishing, 80[2], 40-42（2002） |
| 縄舟, 中谷, 赤松, 水本, 小幡, 内田 | フリップチップ実装を目的としたスズ－インジウム共晶合金の電析 | エレクトロニクス実装学会誌, 第5巻, 349-352（2002） |
| M.Seita, H. Nawafune, T.Nishioka, S.Mizumoto, T.Kanai | Photochemical Formation of Palladium Patterns on Surface Modified Polyimide Resin | J. Applied Electrochemistry, 32, 349-352（2002） |
| K. Akamatsu, J.Hasegawa, H. Nawafune, H.Katayama, F.Ozawa | Highly Reactive Intermediate-Functionalized Gold Clusters: Sythesis and Immobilization on Silica Support Through Amide-Forming Coupling | J. Mater. Chem., 12, 2862-2865（2002） |
| 縄舟秀美 | エレクトロニクスにおける鉛フリーはんだ接合を目的としたスズおよびスズ基合金めっき | 科学と工業, 第76巻, 513-524（2002） |
| 縄舟秀美, 赤松謙祐 | LSIインターコネクションへの銅めっき法の適用 | 電気化学, 第70巻, 880-884（2002） |
| Etani, K., and T. Nishikata | Novel G-protein-coupled receptor gene expressed specifically in the entire neural tube of the ascidian Ciona intestinalis. | Devl. Genes Evol., 212, 447-451（2002） |
| Satou, Y., Takatori, N., Fujiwara, S., T. Nishikata, Saiga, H., Kusakabe, T., Shin-i, T., Kohara, Y., and Satoh, N. | Ciona intestinalis cDNA projects: expressed sequence tag analyses and gene expression profiles during embryogenesis. | Gene., 287, 83-96（2002） |
| 藤原滋樹, 西方敬人, 菅沼一樹, 佐藤愛, 浦野亜規, 片野美緒 | ホヤRNAiプロトコル | 細胞工学(秀潤社), vol. 21, 771-777（2002） |
| 縄舟秀美, 中谷敏雄, 赤松謙祐, 内田衛, 小幡恵吾 | 鉛フリーはんだ接合を目的としたスズ?亜鉛共晶合金の電析および亜鉛の共析機構 | エレクトロニクス実装学会誌, 5, 146-151（2002） |
| 縄舟秀美, 中谷敏雄, 赤松謙祐, 水本省三, 小幡恵吾, 内田衛 | フリップチップ実装を目的としたスルホコハク酸浴からのスズ?インジウム共晶合金の電析 | エレクトロニクス実装学会誌, 5, 349-352（2002） |
| S. Deki, H. Nabika, K. Akamatsu, M. Mizuhata, A. Kajinami, S. Tomita, M. Fujii, and S. Hayashi | Fabrication and characterization of PAN-derived carbon thin films containing Au nanoparticles | Thin Solid Films, 408(1-2), 59-63（2002） |
| H. Nabika, K. Akamatsu, M. Mizuhata, A. Kajinami, and S. Deki | Microstructure and electron transport properties of AuxCo1-x nano-alloys embedded in polyacrylonitrile thin films | J. Mater. Chem., 12, 2408-2411（2002） |
| 杉本直己 | 遺伝子化学（化学同人） | 遺伝子化学（化学同人）（2002） |
| 縄舟秀美, 粟野まいこ, 赤松謙祐, 水本省三, 内田衛, 細田勉 | 添加剤の予備吸着を利用する銅電析プロセスによるULSI微細配線の形成 | 表面技術, 第53巻, 59-64（2002） |
| J. Matsui, K. Tamaki, and N. Sugimoto | Molecular imprinting in alcohols: utility of a pre-polymer based strategy for synthesizing stereoselective artificial receptor polymers in hydrophilic media | Anal. Chim. Acta., 466, 11月15日（2002） |
| 松井淳，杉本直己 | シリーズ「生命を化学する」第3回 コンビナトリアル・モレキュラーインプリンティングで目指す水系での分子認識 | 化学（化学同人）, 57, No. 5, 33-38（2002） |
| H. Yanagimoto, K. Akamatsu, S. Deki, and K. Gotoh | Novel copper electroless plating process on ceramic substrate using copper oxide | Electrochem. Solid State Lett., 5(9), C87-C89（2002） |
| K. Akamatsu, J. Hasegawa, H. Nawafune, H. Katayama, and F. Ozawa | Highly reactive interchain carboxylic anhydride-functionalized gold clusters: Synthesis and immobilization on silica supports through amide-forming coupling reaction | J. Mater. Chem., 12, 2862-2865（2002） |
| S. Deki, N. Yoshida, Y. Hiroe, K. Akamatsu, M. Mizuhata, and A. Kajinami | Growth of metal oxide thin films from aqueous solution by liquid phase deposition, LPD, method | Solid State Ionics, 151(1-4), 1月9日（2002） |
| K. Akamatsu, T. Kawamura, H. Nabika, S. Deki, T. Strunskus and F. Faupel | Effect of composition and structure of gold/copper bimetallic nanoparticles on dispersion in polymer thin films | J. Mater. Chem., 12, 3610-3614（2002） |
| 縄舟秀美, 赤松謙祐 | LSIインターコネクションへの銅めっき法の適用 | Electrochemistry, 70(11), 880-884（2002） |
| T. Miyazawa, M. Hiramasu, T. Murashima and T. Yamada, | Aspergillus melleus protease-catalyzed peptide synthesis using the carbamoylmethyl ester as an acyl donor in 1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propanol/N,N-dimethylformamide. | Biotechnol. Lett., 24, 1945-1949（2002） |
| T. Murashima, K. Nishi, K. Nakamoto, A. Kato, R. Tamai, H. Uno and N. Ono, | Preparation of Novel Heteroisoindoles from Nitro Pyridines and Nitro Pyridones. | Heterocycles, 58, 301-310（2002） |
| Y.Ikeda, H. Nawafune, S.Mizumoto, M.Sasaki, A.Nagatani, A.Nishimori, K.Yamaguchi, E.Uchida, T.Okada | Cure-adhesion of rubber to electroless Pd-P alloy deposit :effect of P content in alloy | International J.Adhesion and Adhesives, 21, 233-239（2001） |
| 縄舟, 石川, 水本, 清田 | 樹脂の表面改質を利用するCdTe化合物半導体薄膜の作製 | 表面技術, 第52巻, 354-356（2001） |
| 吉田, 縄舟, 水本 | ダイレクトメタラリゼーション法による導電性微粒子の作製 | エレクトロニクス実装学会誌, 第4巻, 528-530（2001） |
| 池田, 赤松, 縄舟, 水本, 清田 | ポリイミド樹脂の表面改質および熱圧着を利用する銅のDirect Metallization | エレクトロニクス実装学会誌, 第4巻, 603-606（2001） |
| M.Imanari，M.Seita，H. Nawafune，S.Ikeda | Copper Direct Patterning on Polyimido Rtesin by Surface Modification and UV Irradiation | Proc. of Frontiers of Surface Engineering 2001, D3-14（2001） |
| D.Kim, Y.Kohashi, K.Obata, H. Nawafune | Cyanide-Free Electroless Gold Plating Solution Using Mercaptane as Complexing Agent and Reducing Agent | Proc. of Frontiers of Surface Engineering 2001, C4-04（2001） |
| H. Nawafune, K.Shiroguchi, S.Mizumoto, Y.Kohashi, K.Obata | Direct Electroless Silver Plating on Copper Metal from Succinimide Complex Bath Using Imidazole as the Reducing Agent | J. Surface Finishing Soc. of Japan, 52, 702-707（2001） |
| 縄舟, 城口, 水本, 小橋, 小幡 | イミダゾールを還元剤とする中性コハク酸イミド錯体浴からの無電解ニッケル－リン合金めっき素材への無電解銀めっき | 表面技術, 第52巻, 768-772（2001） |
| S.Ikeda，K. Akamatsu，H. Nawafune | Direct Photochemical Formation of Cu Patterns on Surface Modified Polyimide Resin | J. Mater. Chem., 11,2919-2921（2001） |
| K. Akamatsu，S.Ikeda，H. Nawafune，S.Deki | Formation of Copper Nanoparticles in Surface Modified Polyimide Resin | Proc, of the 7th International Symposium on Advanced Physical Fields 2001, pp.392-395（2001） |
| 縄舟秀美 | 最新の超精密加工・成型技術と部品化プロセス技術第４章 | 技術情報協会（2001） |
| 縄舟秀美 | 鉛フリーはんだめっきの現状と課題 | エレクトロニクス実装学会誌, 第4巻, 276-281（2001） |
| 縄舟秀美 | 銅微細配線技術の課題 | 表面技術, 第52巻, 34-38（2001） |
| T. Nishikata, Yamada, L., Mochizuki, Y., Satou, Y., Shin-i, T., Kohara, Y. and Satoh, N. | Profiles of maternally expressed genes in fertilized eggs of Ciona intestinalis. | Developmental Biology, 238, 315-331（2001） |
| Makabe, K. W.他24名中23番目 | Large-scale cDNA analysis of the maternal genetic information in the egg of Halocynthia roretzi for a gene expression catalog of ascidian development. | Development, 128, 2555-2567（2001） |
| Tanaka, K. J., and T. Nishikata | Functional analysis of Ciona intestinalis Y-box protein. | in Biology of Ascidian Springer-Verlag, pp. 186-192（2001） |
| T. Nishikata, Wada, M. R., and Tanaka, K. J. | RNA-binding proteins in ascidian development. | in Biology of Ascidian Springer-Verlag, pp. 178-185（2001） |
| Makabe, K. W., Kawashima, T., Kawashima, S., Sasakura, Y., Ishikawa, H., Kawamura, H., Kanehisa, M., T. Nishikata and Nishida, H. | Maternal genetic information stored in fertilized eggs of the ascidian, Halocynthia roretzi. | in Biology of Ascidian Springer-Verlag, pp. 165-177（2001） |
| M. Fujii, Y. Inoue, S. Hayashi, K. Akamatsu, and S. Deki | Single-Electron Tunneling Effects in Nylon 11 Thin Films Containing Nanoparticles | Jpn. J. Appl. Phys., 40, 1911-1914（2001） |
| S. Deki. H. Nabika, K. Akamatsu, M. Mizuhata, and A. Kajinami | Preparation and Characterization of Metal Nanoparticles Dispersed in Polyacrylonitrile Thin Film | Scripta Mater., 44, 1879-1882（2001） |
| K. Akamatsu, and S. Deki | Formation Process and Characterization of Copper Oxide Nanoparticles Dispersed in Polymer Thin Films | Scripta Mater., 44, 2149-2152（2001） |
| S. Deki, S. Iizuka, K. Akamatsu, M. Mizuhata, and A. Kajinami | Novel fabrication method for Si1-xTixO2 thin films with garaded composition profiles by liquid phase deposition | J. Mater. Chem., 11, 984-986（2001） |
| Y. Gotoh, K. Fujimura, M. Koike, Y. Ohkoshi, M. Nagura, K. Akamatsu, and S. Deki | Synthesis of titanium carbide from a composite of TiO2 nanoparticles/methyl cellulose by carbothermal reduction | Mater. Res. Bull., 36, 2263-2275（2001） |
| K. Akamatsu, T. Kawamura, and S. Deki | Composition dependence on dispersion of Au/Cu bimetallic nanoparticles in nylon 11 thin films | Eur. Phys. J. D, 16, 305-308（2001） |
| H. Yanagimoto, K. Akamatsu, K. Goto, and S. Deki | Preparation of Cu2O nanoparticles dispersed in NH2-terminated polyethylene oxide matrix | Eur. Phys. J. D, 16, 313-316（2001） |
| S. Deki, Hin Yu Yu Ko, T. Fujita, K. Akamatsu, M. Mizuhata, and A. Kajinami | Synthesis and microstructure of metal oxide thin films containing metal nanoparticles by liquid phase deposition (LPD) method | Eur. Phys. J. D, 16, 325-328（2001） |
| H. Yanagimoto, K. Akamatsu, K. Gotoh, and S. Deki | Synthesis and characterization of Cu2O nanoparticles dispersed in NH2-terminated poly(ethylene oxide) | J. Mater. Chem., 11, 2387-2389（2001） |
| 池田慎吾, 赤松謙祐, 縄舟秀美, 水本省三, 清田優 | ポリイミド樹脂の表面改質および熱圧着を利用する銅のDirect Metallization | エレクトロニクス実装学会誌, 4, 603-606（2001） |
| 縄舟秀美, 粟野まいこ, 赤松謙祐, 水本省三, 内田衛, 細田勉 | 添加剤の予備吸着を利用する銅電析プロセスによるULSI微細配線の形成 | 表面技術, 53, 59-64（2001） |
| K. Akamatsu, S. Ikeda, H. Nawafune, and S. Deki | Formation of copper nanoparticles in surface modified polyimide resin | Proc. of the 7th International Symposium on Advanced Physical Fields 2001, 392-395（2001） |
| S. Ito, H. Uno, T. Murashima and N. Ono, | Synthesis of benzoporphyrins functionalized with octaester groups. | Tetrahedron Lett., 42, 45-47（2001） |
| S. Ito, H. Watanabe, H. Uno, T. Murashima, N. Ono, Y. C. Tsai and R. G. Compton, | Synthesis and properties of polypyrrole annelated with bicyclo[2.2.2]octene units. | Tetrahedron Lett., 42, 707-710（2001） |
| Y. Fumoto, H. Uno, T. Murashima and N. Ono, | Preparation of meso-unsubstituted porphyrins substituted with mono- and tetraformil and other electron-withdrawing groups. | Heterocycles, 54, 705-720（2001） |
| Y. Fumoto, H. Uno, K. Tanaka, M. Tanaka, T. Murashima and N. Ono, | Synthesis of b,b'-(phenylene)diporphyrins. | Synthesis, 399-402（2001） |
| N. Ono, H. Okumura and T. Murashima, | Synthesis of oligo(thienylenevinylenes) substituted with alkoxy groups. | Heteroatom Chemistry, 12, 414-417（2001） |
| M. Wada, S. Ito, H. Uno, T. Murashima, N. Ono, T. Urano and Y. Urano, | Synthesis and optical properties of a new class of pyrromethene-BF2-complexes fised with rigid bicyclo rings and benzo derivatives. | Tetrahedron Lett., 6711-6713（2001） |
| S. Ikeda, K. Akamatsu, and H. Nawafune | Direct photochemical formation of Cu patterns on surface modified polyimide resin | J. Mater. Chem., 11, 2919-2921（2001） |
| J. Matsui, H. Kubo, T. Takeuchi | Molecularly Imprinted Fluorescent-shift Receptors Prepared Using 2-(Trifluoromethyl)acrylic Acid | Anal. Chem., 72, 3286-3290（2000） |
| 縄舟秀美 | 新世代工学シリーズ「電気化学」 第12章 | オーム社（2000） |
| 縄舟秀美 | 鉛フリーはんだ技術実践ハンドブック 第４章 | REALIZE INC．（2000） |
| 縄舟秀美 | 表面技術環境ハンドブック 分担 | 広信社（2000） |
| 藤井敏司, 吉村哲彦 | ９-１ 電子スピン共鳴法 | 「生体内一酸化窒素(NO)実験プロトコール」（共立出版）, 吉村哲彦編, pp. 139-141 （2000） |
| 藤井敏司, 吉村哲彦 | ７-１ ジチオカルバメート鉄錯体法 | 「生体内一酸化窒素(NO)実験プロトコール」（共立出版）, 吉村哲彦編, pp. 105-110（2000） |
| 藤井敏司, 吉村哲彦 | ２-２ ＮＯガス・水溶液 | 「生体内一酸化窒素(NO)実験プロトコール」（共立出版）, 吉村哲彦編, pp. 19-25（2000） |
| Hatano, K., Yamamoto, M., Yamada, Y., and T. Nishikata | Zoospore-specific antigen as a useful marker for molecular analysis of net formation | in Hydrodictyon reticulatum (Chlorococcales, Chlorophyceae). Phycol. Res., 48, 143-148（2000） |
| Matsugu, H., and T. Nishikata. | Improved antigen detection on Western-blots. | Tech. Tips Online [ LINK ]（2000） |
| Kawashima, T., Murakami, A. R., Ogasawara, M., Tanaka, K. J., Isoda, R., Sasakura, Y., T. Nishikata, Okano, H., and Makabe, K. W. | Expression patterns of musashi homologus of the ascidians, Halocynthia roretzi and Ciona intestinalis. | Devl. Genes Evol., 210, 162-165（2000） |
| Tanaka, K. J., Kawamura, H., Matsugu, H., and T. Nishikata | An ascidian glycine-rich RNA-binding protein is not induced by temperature-stress but is expressed under a genetic program during embryogenesis. | Gene, 243, 207-214（2000） |
| Tanaka, K. J., Kawamura, H., and T. Nishikata | The transcript coding for an RNA-binding protein is localized in the anterior side of the ascidian 2-cell stage embryo. | Devl. Gene Evol., 210, 464-466（2000） |
| 杉本直己 | 遺伝子とバイオテクノロジー | 丸善, 1-164（1999） |
| 内田, 岡田, 縄舟, 中尾, 水本 | ギ酸を還元剤とする無電解パラジウムめっきの析出機構 | 表面技術, 第50巻, 469-470（1999） |
| 縄舟, 池田, 芝, 水本, 武内, 青木 | メタンスルホン酸浴からのスズ?銅合金めっき | 表面技術, 第50巻, 923-927（1999） |
| 縄舟, 城口, 谷久保, 水本, 小橋, 武内 | 2-アミノエタンチオールを還元剤とする無電解銀めっき | 表面技術, 第50巻, 928-93（1999） |
| M.Seita, H. Nawafune, T.Kanai, T.Nishioka, S.Mizumoto | Photochemical Formation of Palladium Patterns on Surface Modified Polyimide Resin | Proc. of Electronic Circuits World Convention, 8, T4-3-1?（1999） |
| 縄舟秀美 | 鉛フリーはんだ技術 | 日刊工業新聞社（1999） |
| 藤井敏司, 吉村哲彦 | 内因性一酸化窒素のジチオカルバメート誘導体鉄錯体による捕捉検出 ~検出法の基礎的検討~ | 磁気共鳴と医学（日本医学館）, 10, 21-25（1999） |
| 上野孝治, 鈴木保宏, 藤井敏司, 吉村哲彦 | 四塩化炭素肝障害にて発生した一酸化窒素のジチオカルボキシサルコシン鉄錯体による捕捉 | 磁気共鳴と医学（日本医学館）, 10, 16-20（1999） |
| 上野孝治, 鈴木保宏, 藤井敏司, A. F. Vanin, 吉村哲彦 | 内因性NOドナー（NOチオレート鉄錯体）のマウス腹部における分布，動態に関する研究 | G. I. Research（先端医学社）, 7, 85（1999） |
| S. Deki, K. Sayo, A. Yamada, K. Akamatsu, and S. Hayashi, | Novel preparation method of nano-sized gold particles by using NH2-terminated polyehtylenoxide | J. Colloid Interface Sci., 214, 123-125（1999） |
| S. Deki, K. Akamatsu, Y. Hatakenaka, M. Mizuhata, and A. Kajinami, | Synthesis and characterization of gold-palladium bimetallic particles dispersed in polymer thin film matrix | Nanostruct. Mater., 11(1), 59-65（1999） |
| K. Akamatsu, Y. Hatakenaka, M. Mizuhata, A. Kajinami, and S. Deki, | Preparation, characterization and optical properties of nano-sized bimetallic particles dispersed in polymer thin films | Trans. MRS-J, 24(1), 109-112（1999） |
| K. Akamatsu and S. Deki, | TEM investigation and electron diffraction study on dispersion of gold nanoparticles into nylon 11 thin film during heat treatment | J. Colloid Interface Sci., 214, 353-361（1999） |
| S. Ito, H. Uno, T. Murashima and N. Ono, | Synthesis, properties and crystal structure of rigid porphyrins fused with bicyclo[2.2.2]octene units. | Chem. Commun., 2275-2276（1999） |
| Nishida, H., Morokuma, J., and T. Nishikata. | Maternal cytoplasmic factors for generation of unique cleavage patterns in animal embryos. | Curr. Top. Dev. Biol. 34, 1-37（1999） |
| Okubo, M.-A., Chiba, S.,T. Nishikata Matsuno A., and Hosoya H. | Generation and characterization of a monoclonal antibody, mH1, raised against mitotic HeLa cells. | Devl. Growth Differ. 41, 381-389（1999） |
| Nakamori, R., Murakami, A., and T. Nishikata | Chracterization of MTR1: A novel protein correlated with the myoplasmic movement during ascidian ooplasmic segregation. | Mem. Konan Univ., Sci. Ser., 46, 25-33（1999） |
| Tanaka, K. J., and T. Nishikta | A non-radioactive gel shift protocol enables recovery of RNA-binding proteins. | Tech. Tips Online [ LINK ]（1999） |
| Wada, M. R., Murakami, A. R., Kawamura, H., Nakamori, R., Tanaka, K. J., Nakayama, H., and T. Nishikata | The expression of the protochordate homologue of the proteasome regulatory subunit Rpn12 is transcriptionally , and post-translationally regulated during cleavage stage. | Zool. Sci. 16, 125-129（1999） |
| Chiba, S., Miki, Y., Ashida, K., Wada, M. R., Tanaka, K. J., Nakamori, R., and T. Nishikata | Interactions between cytoskeletal components during ooplasmic segregation in the myoplasm of ascidian eggs. | Devl. Growth Differ. 41, 265-272（1999） |
| T. Nishikata, Iseto, T., Hibino, T., and Nishida, H. | The CAB (Centrosome-Attracting Body), microtubule system and posterior egg cytoplasm are involved in positioning of cleavage planes in the ascidian embryo. | Devl. Biol. 209, 72-85（1999） |
| J. Matsui, M. Okada, M. Tsuruoka, T. Takeuchi | Solid-phase extraction of a triazine-herbicide using molecularly imprinted synthetic receptor | Anal. Commun., 34, 85-87（1997） |
| J. Matsui, O. Doblhoff-Dier, T. Takeuchi | 2-(Trifluoromethyl)acrylic acid: a novel functional monomer in non-covalent molecular imprinting | Anal. Chim. Acta, 343, 1月4日（1997） |
| 杉本直己 | 生命化学のルネッサンス | 化学(化学同人), 51, 236-239（1996） |
| 楢木泰俊彦, 川上純司, 杉本直己 | 生命関連分子の微視的相互作用 I. バルジを含むDNA二重らせんの熱力学的安定性に及ぼすイノシン置換の影響 | 甲南大学紀要, 理学編, 43, 37-47（1996） |
| J. Matsui, I. A. Nicholls, I. Karube, K. Mosbach | Carbon-carbon bond formation using substrate selective catalytic polymers prepared by molecular imprinting: an artificial class II aldolase | J. Org. Chem., 61, 5414-5417（1996） |
| N. Sugimoto, K. Honda, and M. Sasaki | Application of the thermodynamic parameters of DNA stability prediction to double-helix formation of deoxyribooligonucleotides | Nucleosides & Nucleotides, 13, 1311-1317（1994） |
| N. Sugimoto | Thermodynamics of secondary structure formation of nucleic acids consisting of RNA and DNA | Proc. 20th Taniguchi Symp., Biophysics Division, 209-229（1994） |
| M. Sasaki, S. Tanaka, N. Sugimoto, and T. Sugano | Inclusion kinetics of p-(3-methylsalicylazo)benzenesulfonate into a-cyclodextrin | Chemistry Express, 8, 137-140（1993） |
| M. Sasaki, S. Tanaka, N. Sugimoto, and T. Sugano | Inclusion kinetics of p-(3-methylsalicylazo)benzenesulfonate into a-cyclodextrin | Chemistry Express, 8, 137-140（1993） |
| N. Sugimoto, Y. Shintani, M. Sasaki, and M. Okamoto | Temperature and pressure effects on equilibrium of double-helix to single-strands by octamers of deoxyriboadenylic and deoxyribothymidylic acids | Chemistry Express, 7, 273-276（1992） |
| N. Sugimoto, K. Honda, and M. Sasaki | Kinetics of double-helix melting of self-complementary deoxyribooctanucleotid d(TATGCATA) | Chemistry Express, 7, 325-328（1992） |
| N. Sugimoto, Y. Shintani, M. Sasaki, and M. Okamoto | Temperature and pressure effects on equilibrium of double-helix to single-strands by octamers of deoxyriboadenylic and deoxyribothymidylic acids | Chemistry Express, 7, 273-276（1992） |
| N. Sugimoto, K. Honda, and M. Sasaki | Kinetics of double-helix melting of self-complementary deoxyribooctanucleotid d(TATGCATA) | Chemistry Express, 7, 325-328（1992） |
| N. Sugimoto, M. Tomka, R. Kierzek, P. C. Bevilacqua, and D. H. Turner | Effects of substrate structure on the kinetics of circle opening reactions of the self-splicing intervening sequence from Tetrahymena thermophila: evidence for substrate and Mg2+ binding interactions | Nucleic Acids Res., 17, 355-371（1989） |